样本队列：33名意大利COVID-19患者和14名年龄及性别匹配的健康人外周血PBMCs，患者分为中度(n = 3)、重度(n = 5)和危重症(n = 25, 其中4例住院期间死亡)

测序平台：10×Genomics、Illumina

测序方案：Single cell CITE-seq、Single cell RNA-seq、Single cell BCR-seq（VDJ）、Single cell TCR-seq（VDJ）

主要结果：

基于COVID-19患者之间广泛存在的异质性，为了将免疫反应变化与疾病严重程度和预后联系起来，研究人员纵向评估了COVID-19患者单个外周免疫细胞中的循环蛋白以及188个表面蛋白标记物、转录组和T细胞受体序列。条件独立网络分析揭示了与疾病严重程度相关的几个主要问题，包括浆细胞样树突状细胞凋亡的基因表达特征和炎症减轻但CD56^dimCD16^hi NK细胞脂肪酸代谢增加与循环白介素(IL)-15呈正相关。CD8⁺ T细胞活化明显，无衰竭迹象。虽然重症患者住院后早期细胞炎症抑制，但在症状出现后17-23天细胞炎症升高，暗示炎症反应存在晚期波。该研究结果强调了时间对COVID-19分析、临床监测和治疗干预的重要性。

样本类型：PD-1/L1治疗的NASH小鼠肝脏组织

测序平台：BD FACSFortessa、BD FACSSymphony、Illumina

测序方案：Single cell RNA-seq、Single cell TCRβ-seq

主要结果：肝癌(HCC)可由病毒或非病毒引起，非酒精性脂肪性肝炎(NASH)是肝细胞癌的重要驱动因素。但基于生物标志物的患者分层以获得最佳治疗反应暂时无法实现。本研究发现在NASH的肝脏中，耗竭、非常规激活的CD8⁺PD1⁺T细胞逐步积累，对NASH小鼠进行单细胞RNA和T细胞受体(TCRβ)测序，证实其CD8⁺PD1⁺T急剧增加。在NASH诱导HCC的临床前模型中，程序性死亡受体1(PD1)的免疫治疗增加了肿瘤内活化的CD8⁺PD1⁺T细胞，但没有导致肿瘤消退，这表明肿瘤免疫监视功能受损。在预防治疗时，抗PD1治疗导致NASH-HCC的发生率以及肿瘤结节的数量和大小增加，这与肝脏CD8⁺PD1⁺CXCR6⁺、TOX⁺和TNF⁺T细胞增加相关。抗PD1治疗引起的肝癌增加可以通过减少CD8⁺T细胞或TNF来改善，表明了CD8⁺T细胞有助于诱导NASH-HCC，并非激活或执行免疫功能。研究人员在非酒精性脂肪肝(NAFLD)或NASH患者的肝脏CD8⁺PD1⁺T细胞中发现了类似的表型和功能特征。一项针对三个随机III期临床试验的meta-analysis显示，在1600多名晚期肝癌患者PDL1(程序性死亡配体1)或PD1抑制剂的免疫治疗并不能改善非病毒性肝癌患者的生存。在另外两个队列中，接受抗PD1或抗PDL1治疗的NASH诱导的HCC患者与其他病因的患者相比，总生存率降低。这些数据表明，非病毒性HCC，特别是NASH-HCC，可能对免疫治疗的反应较差，这可能是由于NASH相关的异常T细胞激活导致组织损伤，和免疫监测受损。本研究数据为免疫治疗作为原发性或辅助治疗的方法提供了理论基础。

样本类型：不同胚胎发育时期的小鼠肺组织

测序平台：10×Genomics、Illumina

测序方案： Single cell RNA-seq、Single cell ATAC-seq

主要结果：肺泡是呼吸系统中气体交换所需的功能单元。在出生时过渡到呼吸空气的过程中，生物物理力量被认为塑造了新兴的组织生态位。然而，驱动这些过程的细胞间信号仍然知之甚少。美国宾夕法尼亚大学Edward E. Morrisey团队应用多峰方法，确定了1型肺泡（AT1）上皮细胞是一个独特的信号枢纽。谱系追踪表明，AT1祖细胞在空间和时间上与接受性、施加力的成肌纤维细胞出现平齐。通过单细胞染色质可及性和途径表达（SCAPE）分析，证明AT1限制性配体是成肌纤维细胞和肺泡形成所必需的。这些研究表明，由生物物理信号和AT1衍生的旁分泌信号介导的细胞命运的同时进行，驱动了产后呼吸所需的广泛的组织重塑。