在3D基因组研究中，从Mb级别的Compartment和TAD，到Kb级别的loop结构，了解它们和基因功能的关系，可以解答不同细胞状态、发育、疾病、环境应答等发生机制。其中，Compartment A/B与常规转录活性关联，较精细的loop结构（如增强子-启动子 loop）则更为直接地调节基因表达和功能。充分分辨loop结构能够帮助有效识别特异性调控，然而，这不仅需要具有较强的分析能力，还要求具备足够的高质量数据，分辨率至少达到10kb，甚至高达1kb及以下。
多种DNA互作技术的分辨率范围
2016年，Oliver J Rando团队在Nature Method上发布3D基因组Hi-C技术的衍生方法，Micro-C XL。相较于Hi-C，Micro-C XL从单甲醛交联更新为双交联，并使用MNase替代限制内切酶来进行切割。其中双交联步骤可以帮助固定更多空间距离稍远的互作，没有限制位点的MNase可以生成分布相对更为均匀的数据，并大幅提高互作分辨率，可用于构建核小体（~200bp）级别的互作图谱。
Micro-C XL技术实验流程
因此，Micro-C XL技术适用于研究染色质核小体排列结构，以及转录因子相关精细调控结构，如核小体折叠、增强子-启动子（E-P）、启动子-启动子（P-P）结构域等。目前，多个科研团队已在酵母、果蝇、人和小鼠等物种中应用Micro-C XL技术揭示精细染色质结构，相关研究成果已陆续发表于Science、Nature、Molecular Cell等高分期刊。可见，Micro-C XL技术是研究核小体级别分辨率的三维基因组结构的有利工具，在联系染色质高级结构与基因组功能方面将大有可为。
Micro-C XL构建核小体级别互作图谱
Micro-C XL应用方向
1.染色质构象分析：深度解析各物种基因组超高分辨率精细三维结构
2.生长发育或分化：不同细胞周期或不同生理状态下，多种精细染色质结构的变化及其功能
3.癌症/疾病发生机理研究：癌症/疾病相关过程的三维结构变化及其对致病基因调控图谱的影响
4.农艺性状和胁迫应答：植物农艺性状形成和适应性进化过程中重要基因的差异调控机制
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