根据不同的研究目的，常见扩增子测序产品有16S rDNA测序、18S rDNA测序和ITS测序三种，详情如下：
16S rDNA测序：16S rDNA是编码原核生物核糖体小亚基rDNA的DNA序列，具有10个保守区域和9个可变区域（V1-V9），其中保守区域在细菌间差异不大，高可变区具有属或种的特异性，对16S rDNA某个高可变区进行测序，用于研究环境微生物中细菌或古菌的群落结构多样性。
18S rDNA测序：18S rDNA是编码真核生物核糖体小亚基rDNA的DNA序列，具有9个保守区域和8个可变区域，对18S rDNA某个高可变区进行测序，用于研究环境微生物中真核微生物的群落结构多样性。
ITS测序：ITS分为两个区域，ITS1和ITS2。ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之间。对ITS1或ITS2进行测序，用于研究环境微生物中真菌群落结构多样性。
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