Hi-C获得的是全基因组的互作信息，对于调控转录中增强子与基因启动子远程互作的loop检测，Hi-C需要高深度 测序量， 且在检测增强子与启动子互作loop时，背景噪音高。
Promoter Capture Hi-C建库流程基于常规Hi-C，在获得的Hi-C文库基础上增加一步Promoter区域的杂交捕获， 由于仅针对promoter区域的互作进行富集捕获，可使原本微弱的互作信息足够放大，因此可对promoter区域的 互作进行更深入的分析。相比Hi-C而言，在获得相同分辨率情况，Promoter Capture Hi-C的测序量和成本降低。
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