DNA和染色体存在于细胞核的三维空间中。虽然基因组在线性序列中存储了遗传信息，但是基因的正确表达、调控以及基因调控元件之间的相互作用都是在染色体折叠成的复杂三维结构中完成的，染色体的三维空间结构对基因的表达和调控具有重要影响。
高通量染色体构象捕获（High-throughput chromosome conformation capture, Hi-C）是一种可用于研究基因组三维结构的创新技术，通过对细胞核内染色体构象进行固定、酶切、连接、捕获等步骤，对捕获的含有染色质互作信息的片段进行高通量测序，通过生物信息学分析，能够在全基因组范围内获得不同基因座之间的空间相互作用，发现三维空间中的远程调控元件，揭示空间结构调控基因功能发挥的机制。实验技术原理如下：
甲醛交联（固定）-酶切-末端修复引入生物素标记-连接-解交联DNA提取建库-高通量测序
Hi-C技术通常需要百万级别的细胞量，但是对于动物胚胎、神经元、植物根尖、临床组织等来源稀少或材料珍贵的样本，难以获得其百万乃至十万级的细胞数，这对于胚胎发育、肿瘤和临床疾病等等研究有所限制。低起始细胞量的技术顺应而生。低起始Hi-C通过缩放反应体系、减少实验步骤、减少转管次数来避免样品损失，细胞数量最低可至百个以下。
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