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产品介绍

2019年,美国Steven Henikoff实验室成功研发CUT&Tag技术。作为全基因组水平的DNA-蛋白质互作研究方法,CUT&Tag的技术核心是运用连接有刀豆蛋白的磁珠结合细胞膜或细胞核,通过抗体将Protein A/G-Tn5转座酶融合蛋白靶向带到目标蛋白附近进行染色质切割。


CUT&Tag的实验时间短,实验过程未对细胞核和染色质进行物理性的破坏,整个操作过程相当“温和”。因此CUT&Tag的背景噪音数据非常少,信噪比高,对起始细胞量的要求大幅减少,操作简单且数据可重复性好,更加专注于活跃的染色质位点和转录因子结合位点,备受表观遗传领域研究者的关注。目前已广泛应用于动植物的基础机制研究,并在逐步拓展至农业和医学转化。
对于起始细胞量的要求,CUT&Tag自带“低起始量光环”,研发者指出针对组蛋白,可低至100个细胞;针对转录因子,可低至1000个细胞,并且数据质量都很好,不同细胞起始量的结果也较稳定。


2021年,武汉大学梁凯威/房萍萍课题组进一步优化实验,在Science Advances发表了适用于检测R-loop结构的CUT&Tag。R-loop CUT&Tag实验使用S9.6抗体来识别R-loop,再使用pA/G-Tn5融合蛋白与抗体结合并特异性“切割”R-loop,回收DNA进行链置换后即可扩增完成文库构建。相比其它技术,R-loop CUT&Tag无需交联、超声、限制性酶切、转基因细胞系构建等复杂步骤,最快仅需1天时间,细胞量要求更少。数据结果富集好,背景低,更灵敏。

R-loop CUT&Tag实验流程(Wang, et al. 2021, Science Advances.

应用方向

1.确定基因组上组蛋白修饰出现的位置
2.确定蛋白质复合体及其它反式因子、以及R-loop三链结构在基因组上结合位点的精确定位
3.确定CTCF结构蛋白、转录因子和其他染色质相关蛋白如何影响表型
4.联合Hi-C/ATAC-seq/RNA-seq多组学数据,揭示影响基因表达的调控网络



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