核小体是真核细胞染色质的基本结构单位，由DNA和组蛋白构成。每个核小体由146bp的DNA缠绕在八聚体的组蛋白上形成，两个核小体之间通过一段连接DNA相连，DNA与组蛋白的结合可以发生动态变化。基因开启表达需要缠绕在组蛋白上的DNA解离下来，以供转录因子等调控蛋白结合。因此，获得处于开放状态的DNA序列可以用于研究基因表达的调控机制，是表观遗传学研究的热点，而ATAC-seq则是用于这类研究的最佳利器。该技术由美国斯坦福大学的研究人员开发，2013年首次发表在Nature Methods（Buenrostro et al., 2013）。ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性染色质区域进行测序分析的一种表观遗传学研究技术。
该技术有两大特点：（1）转座酶只对开放染色质区域进行切割；（2）转座酶可以同时对切割下来的DNA片段的两端添加测序接头。
因此，回收切割下来的DNA片段经PCR扩增后可以直接上机测序，获得在特定时空下全基因组的活性调控序列。后续对这些序列进行分析，挖掘这些开放位点的潜在结合转录因子，结合基因表达水平数据，发现关键的转录因子。
相较于DNase-seq，ATAC-seq的样本处理时间更短，且仅需500-50,000细胞，而后有研究团队通过优化裂解缓冲液和DNA纯化步骤，将细胞量进一步降低到两位数的水平（miniATAC-seq）。
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