宏基因组学（Metagenomics），也称元基因组学，利用三代PacBio高通量测序平台以特定环下微生物群体基因组为研究对象，在分析微生物多样性、种群结构、进化关系的基础上，可进一步探究微生物群体功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。与二代测序方法相比，三代宏基因组采用PacBio SMRT测序的长读长可以轻松覆盖基因区间或基因特异性区域，减少部分拼接错误，更真实反应菌群的复杂组成，有效提高微生物群落鉴定的分辨率，为深入功能研究奠定完美基础。
技术优势
通过对PacBio原始错误率的矫正，可以得到高质量CCS Reads，最低准确率达到99%以上，从而较完整地覆盖大多数微生物基因或基因的特异性区域，无须组装即可进行菌群组成、功能基因注释和代谢通路分析。
基于高质量CCS reads的三代组装策略，增加了来自不同微生物的reads的特异性，有效避免了不同个体reads之间的交叉组装，精确还原环境中微生物组成和功能基因信息，实现对菌群数据的深度挖掘。
应用方向
（1）医学领域：代谢病、肿瘤癌症等；
（2）畜牧领域：肠道、瘤胃（如产甲烷菌类群）与动物健康/营养消化研究等；
（3）农业领域：根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等；
（4）环境领域：雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境等；
（5）生物能源：特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的开发；
（6）特殊极端环境：极端环境条件下的微生物类群研究。
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