1、互作矩阵构建
将经过过滤后的数据（ReadsAfter Filtering）进行基因组不同分辨率的互作矩阵的构建
全基因组互作图谱
2、距离-互作频率分析
分析全基因组上所有互作位点的互作强度（频率）与基因间线性距离的关系。
基因间距离与互作频率关系
3、Genomiccompartment结构分析
对校正后的互作矩阵进行主成分分析（ PCA），根据第一主成分的值，区分得到两个区域，即“活跃”A区域和“非活跃”B区域，前者是指该区域内染色质结构较“开放”，基因整体趋向高表达，后者则反之。
基因组compartment分析
4、TAD结构分析
TAD (topologicallyassociating domains)即拓扑相关结构域，是指一段具有折叠结构的DNA序列，在图中表现为“方块”，此区域内部的互作频率会显著高于毗邻的两个区域之间的互作频率，TAD是基因组在空间结构中的基本组织形式，我们可以对校正后的互作矩阵进行分析，识别出TAD。
TAD鉴定分析
5、显著互作位点分析
对所有互作进行显著性检验，计算p、q值。结果中p-value及q-value均小于0.01的互作为显著互作。可对多个样本检测得到的显著互作位点进行比较和统计，鉴定差异互作基因。
显著互作位点（loop结构）分析
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