2021年5月13日，Scientific Reports在线发表了湖北省农科院经济作物研究所姚明华课题组有关辣椒毛状体发育的研究成果，该研究结合PacBio和Illumina两种测序技术对Capsicum annuum进行解析，生成了一个完整的Capsicum annuum全长转录组数据集，为今后辣椒毛状体发育相关功能基因和信号通路的研究提供了理论基础。高升华博士为该论文的第一作者，姚明华研究员为通讯作者，菲沙基因参与了该研究的转录组测序分析工作。此研究受到国家自然科学基金的资助。
2021年5月14日，DNA research在线发表了中国水产科学研究院长江水产研究所杜浩课题组有关濒危鱼类-青海湖裸鲤（Gymnocypris Przewalskii）的研究成果，该研究结合PacBio和Illumina两种测序技术对G. Przewalskii进行解析，揭示了G. Przewalskii转录组特征，为今后功能基因、分子标记和信号通路的研究提供了重要资源，为进一步研究G.przewalskii和其他裸鲤的行为模式、系统发育、适应进化、种群遗传学、保护等提供有价值的遗传资源。杜浩研究员为该论文的通讯作者，菲沙基因参与了该研究的转录组测序分析工作。此研究受到青海省自然科学基金和中央公益性基本科研经费的共同资助。
5月，惊喜不断，菲沙基因3+2转录组项目文章二连发，详情见下方文献解读！
#1
Transcriptome profiling of Capsicum annuum using Illumina and PacBio SMRT‑based RNA‑Seq for in‑depth understanding of genes involved in trichome formation
3+2转录组揭示辣椒毛状体形成机制
发表期刊
Scientific reports
研究背景
辣椒（Capsicum annuum L.）具有高营养价值和商业价值，在过去的几十年里，人们进行了大量的研究以提高其产量。毛状体是一种特殊的表皮细胞，存在于辣椒的叶、茎、果柄和花萼上，在抵抗非生物和生物胁迫中起着不可缺少的作用。目前，关于辣椒多细胞毛状体发育的调控机制尚未明确。找到辣椒中毛状体形成的关键调控基因可对后续改良辣椒品种提供有价值的资源。
研究材料
辣椒GZZY-23(有毛)和PI246331(无毛)两个品种
技术路线
文章概述
本研究对有毛GZZY-23和无毛 PI246331的两个辣椒品种进行3+2转录组测序分析，鉴定了辣椒毛状体形成的相关基因和途径。共获得40079个基因，其中4743个新基因和13568个差异表达基因(DEGs)。其中，筛选了11个与毛状体发育相关的DEGs；151个DEGs参与植物激素信号转导312个DEGs，属于MYB、bHLH、HD - Zip和锌指转录因子家族；1629个基因被预测为植物抗性基因(PRGs)。本研究获得的转录组数据为研究人员后续深入研究辣椒毛状体的形成的分子机制提供了理论依据。
图1 辣椒品种表型差异及相关TFs间差异基因表达分析
#2
Characterization and Complexity of Transcriptome in Gymnocypris przewalskii using Single-molecule long-read sequencing and RNA-seq
3+2转录组测序揭示青海湖裸鲤转录组的特征和复杂性
发表期刊
DNA Research
研究背景
青海湖裸鲤（Gymnocypris Przewalskii）是青海湖特有濒危鱼类，在鱼-鸟-草地系统中具有重要的渔业和生态意义；由于青海湖长期的地理隔离，G.przewalskii由淡水鱼逐渐进化为耐高盐度和高碱性的鱼类，具有适应极端高原环境的能力，是进化生物学研究的理想生物材料。然而，由于缺乏注释良好的参考基因组，基因组和遗产资源不足，限制了研究者对青海湖裸鲤的生理响应、行为模式和适应性进化的分子机制的进一步研究。
研究材料
青海湖裸鲤：6个野生雌性和3个雄性个体，分别取5个组织部位-肝脏、肌肉、脑、鳃和肾脏
技术路线
文章概述
本研究采用3+2转录组测序技术对青海湖裸鲤（Gymnocypris Przewalskii）进行FL转录组特征分析。Iso-Seq共捕获全长(FL)转录本为159053个，平均长度为3445 bp，N50为4348bp。所有FL转录本中，145169个转录本在公共数据库中注释良好，134537个转录本包含完整的开放阅读框；共鉴定到4149对AS事件，其中随机选择了3个进行RT-PCR和测序验证，同时检测到13293个lncRNAs；从FL转录本中共鉴定出118185个简单重复序列。同时，结合二代转录组数据对青海湖裸鲤的不同组织部位进行差异表达基因分析，发现存在组织特异性表达，在脑中表达量最高。本研究阐明G.przewalskii的转录组特征，为进一步研究G.przewalskii和其他裸鲤的行为模式、系统发育、适应进化、种群遗传学、保护等提供有价值的遗传资源。
图2 青海湖裸鲤转录组特征分析
参考文献：
1. Gao S, Li N, Niran J, Wang F, Yin Y, Yu C, Jiao C, Yang C, Yao M. Transcriptome profiling of Capsicum annuum using Illumina- and PacBio SMRT-based RNA-Seq for in-depth understanding of genes involved in trichome formation. Sci Rep. 2021 May 13;11(1):10164. doi: 10.1038/s41598-021-89619-0.
2. Li X, Wu J, Xiao X, Rong Y, Yang H, Li J, Zhou Q, Zhou W, Shi J, Qi H, Du H. Characterization and Complexity of Transcriptome in Gymnocypris przewalskii using Single-molecule long-read sequencing and RNA-seq. DNA Res. 2021 May 14:dsab005. doi: 10.1093/dnares/dsab005.
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