项目文章一：Mi-2β通过激活EZH2甲基化促进黑色素瘤的免疫逃逸

影响因子：16.6

作者单位：浙江大学

菲沙基因提供技术：ATAC-seq

主要内容：

最近开发的新型免疫检查点抑制剂在癌症治疗中特别成功，但大多数患者仍未能受益。将耐药肿瘤转化为对免疫治疗敏感的肿瘤将显著改善患者的治疗效果。本研究确定了Mi-2β是调节适应性抗肿瘤免疫反应的关键黑色素瘤内在效应因子。基因工程小鼠黑色素瘤模型的研究表明，Mi-2β的缺失可以挽救体内免疫治疗的免疫反应。从机制上讲，ATAC-seq 分析表明Mi-2β控制 IFN-γ 刺激基因 (ISG) 的可及性。Mi-2β与EZH2结合并促进EZH2的K510甲基化，随后激活H3K27的三甲基化以抑制ISG的转录。最后，研究开发了一种Mi-2β靶向抑制剂Z36-MP5，它可以降低Mi-2β ATP酶活性并重新激活ISG转录。因此，Z36-MP5 在其他耐药性黑色素瘤模型中诱导对免疫检查点抑制剂的反应。这项工作提供了一种潜在的治疗策略，可以将免疫治疗耐药的黑色素瘤转化为敏感的黑色素瘤。

项目文章二：3D基因组结构的重组为蛋鸡早期脂肪肝病的发病机制提供见解

影响因子：7.0

作者单位：西北农林科技大学

菲沙基因提供技术：CUT&Tag

主要内容：

脂肪肝因其高发生率和高死亡率，给家禽业造成了巨大的经济损失。3D染色质结构通过调节转录重编程参与疾病的处理。本研究旨在探讨早期脂肪肝（FLS）肝脏3D基因组和H3K27ac表达的改变，并揭示它们对蛋鸡肝脏转录重编程的影响。结果表明，FLS模型具有明显的表型，包括肝脏可见脂质沉积和血清总甘油三酯和胆固醇。通过Hi-C技术，可以识别A/B compartment转换、TAD和loop的变化。肝3D基因组组织中这些变化的靶基因显著丰富了与脂质代谢和肝损伤相关的通路。通过RNA-seq分析鉴定出的差异H3K27ac peak和差异表达基因（DEGs）也在这些通路中富集。值得注意的是，某些DEGs被发现与其启动子中的3D染色质结构和H3K27ac变化相对应。DNA motif分析表明，候选转录因子参与了调节转录重编程。此外，叶酸代谢紊乱，叶酸水平降低和酶表达改变。本研究结果建立了FLS早期形成过程中转录重编程变化和三维染色质结构变化之间的联系，为FLS的候选转录因子和叶酸提供了FLS预防或治疗的靶点。

项目文章一：基于深度学习的吡咯喹啉对阿尔茨海默病神经保护作用的研究

影响因子：15.1

作者单位：中国药科大学

菲沙基因提供技术：RNA-seq

主要内容：

阿尔茨海默病（AD）是神经退行性研究中的一个紧迫问题。为了解决AD药物开发中的挑战，特别是针对Aβ的药物开发，本研究使用深度学习和药理学方法来阐明吡咯喹啉醌 (PQQ) 作为AD神经保护剂的潜力。研究使用深度学习技术对全面的分子数据集进行预测，评估化合物的血脑屏障渗透性、抗炎和抗氧化性能。在地中海-DASH干预延迟神经退行餐的研究中发现，PQQ具有明显的血脑屏障渗透性和低毒性。在Aβ₁₋₄₂诱导的AD小鼠模型上进行的体内实验验证了PQQ在减少认知缺陷方面的有效性。PQQ调节了对突触和抗神经元死亡至关重要的基因，减少了活性氧的产生，并影响了SIRT1和CREB途径，表明了其神经保护效应的关键分子机制。这项研究利用深度学习和药理学方法，快速筛选出潜在的神经保护剂，并在体内实验中验证了其有效性。这为将来深度学习与药物研究和药物发现的整合提供了基础。

项目文章一：首个香菇完整参考基因组为香菇子实体发育分子机制提供见解

影响因子：8.2

作者单位：华中农业大学

菲沙基因提供技术：ONT+Hi-C

主要内容：

蘑菇子实体是真菌中最复杂的结构之一，子实体发育机制是大型真菌中的研究热点。本研究对香菇异核菌株WX1的两个性亲和单核体进行了高质量基因组组装，并对香菇基因组进行了变异分析。具体来说，利用WX1子实体发育四个不同阶段的两个单核基因组和转录组数据，进行了差异基因表达(DE)分析和等位基因特异性表达（ASE）分析。结果显示，在刺孔后，香菇菌丝可感知细胞壁胁迫、信息素和CO₂浓度下降，导致与细胞黏附、细胞壁重塑、蛋白降解和脂质代谢相关的基因上调，可能促进原基分化。水通道蛋白基因以及与蛋白降解、有丝分裂以及脂质和碳水化合物代谢相关的基因在原基发育中发挥重要作用。而与组织分化和有性繁殖相关的基因在子实体中表达活跃。部分与子实体发育相关的重要基因发生ASE，两种细胞核可通过不平衡表达不同功能的基因来协同调控子实体发育。此外，发现长末端重复反转座子（LTR-RT）序列更偏好于出现在ASE基因附近，表明LTR-RT序列可能会诱导ASE发生。

项目文章二：东亚特有的小型平颌鱲的染色体水平基因组组装

影响因子：9.8

作者单位：华中农业大学

菲沙基因提供技术：Illumina+PacBio+Hi-C

主要内容：

平颌鱲是鲤形目鲴科鱲属的淡水鱼类，分布于东亚。本研究分别对从海河流域采集的2个成年雌性个体进行了核型研究和基因组测序。平颌鱲的核型公式为2N=48=18M+24SM/ST+6T。研究利用PacBio和Hi-C技术组装了平颌鱲的染色体水平基因组。首先，用PacBio测序数据组装了一个814.87 Mb的基因组。随后，根据Hi-C数据将98.64%的组装序列锚定到24条染色体上。染色体水平的组装包含54个 scafolds，N50长度为32.32 Mb。重复序列占比52.35%，共预测到24,779个蛋白编码基因，其中92.11%用公共数据库进行了功能注释。BUSCO分数为96.5%。这种高质量的基因组组装为未来的功能基因组研究、比较基因组学和鱲属进化研究提供了宝贵的资源。

项目文章一：中国赤水河石生绿藻隐藏多样性的分子洞察

影响因子：2.4

作者单位：中国科学院水生生物研究所

菲沙基因提供技术：测序工作

主要内容：

水生绿藻在水生生态系统中起着至关重要的作用。传统的形态学方法虽然为这些藻类提供了有价值的见解，但它们在分辨同形种和评估多样性方面具有局限性。这些藻类的多样性和系统发育关系尚待阐明。本研究采用18S rDNA全长单分子实时（SMRT）测序技术，研究了生物多样性保护重点地区的绿藻的分子多样性和系统发育关系。共获得79709条藻类reads，从来自Ulvophyceae、Chlorophyceae、Trebouxiophyceae的21个绿藻组装中鉴定到169个扩增子序列变异（ASVs）。观察到独特ASV（多样性）数量最多的10个科是Ulvellaceae、Protosiphonaceae、Chlorococcaceae、Watanabeaceae、Chlorellaceae、Neochloridaceae、Chaetophoraceae、Hazeniaceae、Tupiellaceae、Scenedesmaceae。在Ulvales/Ulotrichales(Ulvophyceae)、Chlorococcaceae/Protosiphonaceae (Chlorophyceae)中观察到大量绿藻序列形成的独特分支。本研究揭示了石生绿藻隐藏的多样性，扩大了对它们进化关系的认识，为该类群的分类研究提供了基础数据，为生物多样性重点保护区域的藻类多样性评估提供了贡献。这项研究表明，这些石生绿藻类群可能比以前认识到的更多样，但由于取样区域和时间的限制，对分类群的影响有待进一步研究。