影响因子：9.8

发表单位：华中农业大学、塔里木大学

研究材料：叶尔羌高原鳅

菲沙提供服务：基因组测序+分析

原文链接：https://doi.org/10.1038/s41597-023-02900-x

研究概述：

基于PacBio和Hi-C，研究者组装了高质量的叶尔羌高原鳅基因组，其基因组大小为520.64 Mb，contigN50=1.30 Mb，其中93%的序列被锚定到25条染色体上，BUSCO评估基因组完整性为94.1%。通过多种方法注释，研究者在叶尔羌高原鳅基因组中预测到25505个蛋白编码基因，其中99.48%的基因都能得到功能注释。此外，叶尔羌高原鳅基因组中重复序列占比27.29%。未来利用叶尔羌高原鳅基因组进行比较基因组学研究，这对于阐明其盐碱适应背后的分子机制，以及生物资源的保护具有重要意义。

叶尔羌高原鳅基因组

影响因子：8.7

发表单位：东北农业大学

研究材料： 野生番茄品种（Solanum habrochaites ，SH），栽培番茄品种（Alisa Craig ，AC）

菲沙提供服务：RNA-seq和代谢组

原文链接：https://academic.oup.com/hr/advance-article/doi/10.1093/hr/uhad277/7513217

研究概述：

Solanum habrochaites (SH) 是一种与 Alisa craig (AC) 密切相关的野生番茄物种，是现代番茄育种的重要种质资源。毛状体是由表皮细胞发育而成的，具有抵御昆虫攻击的作用，其分泌物具有不可忽视的价值。在本研究中，利用低温扫描电子显微镜，清晰地区分了AC和SH的六型毛状体的腺头，这种差异使得SH能够分泌出比AC更多的抗昆虫代谢物。害虫偏好实验表明，蚜虫和螨虫更喜欢在AC附近取食，而不是SH。通过对转录组和代谢组数据的整合分析，研究发现苯丙烷生物合成途径是植物中重要的次生代谢途径，SH通过上调该途径相关基因的表达，分泌出比AC更多的苯丙烷类化合物和类黄酮，从而抵抗食草昆虫的取食。此外，病毒诱导的Sl4CLL6沉默不仅降低了苯丙烷生物合成途径下游基因SlHCT、SlCAD和SlCHI的表达，而且降低了番茄对螨虫的抗性。这些发现为Solanum habrochaites中苯丙烷化合物的合成和抗昆虫育种提供了新的遗传资源，为栽培番茄重要性状的改良提供了新的理论依据。

差异代谢途径

影响因子：13.6

发表单位：武汉轻工大学

研究材料：Pigmentiphaga kullae CHJ604菌株

菲沙提供服务：细菌完成图

原文链接：https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2024.133466

研究概述：

植物自毒性被认为是现代农业中连作障碍的重要原因之一，它会在土壤中积累大量的化感物质和异源物质，难以有效解决。为了克服烟草的连作障碍，本研究从环境中分离出一株能够有效降解这些化合物的Pigmentiphaga kullae CHJ604菌株。CHJ604菌株能够降解在十年烟草连作土壤中积累的11种自毒性化感物质和异源物质。这11种化感物质和异源物质显著降低了烟草种子的发芽率、发芽指数和平均发芽时间，并抑制了叶、茎和根的发育。这些负面干扰可以被CHJ604菌株消除。通过对CHJ604菌株的全基因组序列进行分析和注释，该研究获得了11种化感物质和异源物质的降解途径。异源表达的对苯二甲酸1,2-双加氧酶可以催化4-羟基苯甲酸、4-羟基-3-甲氧基苯甲酸、4-羟基苯甲醛和4-羟基-3-甲氧基苯甲醛。邻苯二甲酸4,5-双加氧酶可以催化邻苯二甲酸、二异丁基邻苯二甲酸酯和二丁基邻苯二甲酸酯。这两种酶有利于CHJ604菌株同时降解多种化感物质和异源物质。这项研究为自毒性化感物质和异源物质的生物降解提供了新的见解。

研究思路

影响因子：12.7

发表单位：南京医科大学

研究材料：突变体感染的HEK293T细胞

菲沙提供服务：Pacbio DNA测序

原文链接：https://doi.org/10.1002/jmv.29425

研究概述：

抗体治疗和疫苗设计的关键靶点是SARS-CoV-2刺突蛋白（S）的受体结合域（RBD）。它也是病毒表现出高度变异能力并因此逃避免疫反应的部位。该研究开发了一种稳健和简单的方法，通过易出错的PCR，以及一种新型、非复制性、基于逆转录病毒的系统，产生大量功能性的SARS-CoV-2刺突蛋白RBD突变体。该研究制备了抗RBD野生型多克隆抗体，并用它们在突变体文库中进一步筛选突变体——可以逃避抗体阻断，并能够有效进入表达有hACE2和TMPRSS2的受体细胞。作为验证，该研究分离、克隆和测序了六个突变体，它们在RBD带有九个突变，能够逃避免疫反应。根据GISAID数据库，八个突变已经在Lambda、Delta和Omicron及其亚系中出现，还有一个突变未被报道过。这些结果证实了使用方法的有效性。

RBD序列的变异频率

影响因子：8.8

发表单位：中山大学肿瘤医院

研究材料：小鼠

菲沙提供服务：ATAC-seq、CUT&Tag（NEIL1、SATB2）

原文链接：https://doi.org/10.1016/j.celrep.2023.113654

研究概述：

DNA修复途径的缺陷是导致结直肠癌发生的重要因素。然而，碱基切除修复途径在结直肠癌发生中的作用尚不清楚。该研究表明，NEIL1酶在结直肠癌组织中高度表达，并与较差的临床预后相关。在小鼠中敲除neil1显著抑制了肿瘤发生，并增强了CD8⁺ T细胞在肠道肿瘤中的浸润。此外，NEIL1与SATB2/c-Myc直接形成复合物，增强了COL17A1的转录，并进而促进了结直肠癌细胞中免疫抑制因子的产生。一种NEIL1肽能够抑制Apc^Min/+小鼠的肠道肿瘤发生，而靶向NEIL1与NF-κB抑制剂联合使用时，对肿瘤生长有协同的抑制作用。这些结果表明，联合靶向NEIL1和NF-κB可能是一种有前景的结直肠癌治疗策略。

NEIL1与SATB2/c-Myc直接形成复合物，增强了COL17A1的转录

影响因子：18.9

发表单位：中国农业大学

研究材料：小鼠颗粒细胞

菲沙提供服务：CUT&Tag（LSD1、H3K4me2）

原文链接：https://doi.org/10.1016/j.scib.2024.01.015

研究概述：

体细胞的凋亡和自噬参与了促卵泡激素（FSH）诱导的卵泡发育过程，但其潜在的机制还需要深入研究。该研究显示，随着FSH诱导窦卵泡（AFs）形成，颗粒细胞（GCs）的LSD1蛋白水平和自噬水平同时随着时间增加，因此进一步评估LSD1在促进AFs形成与GCs中自噬相关性方面的重要性。结果显示，在GCs中敲除Lsd1，AFs数量显著减少和生育力下降，同时GCs中自噬水平明显被抑制。具体地说，一方面，Lsd1的缺失导致WT1在蛋白和mRNA水平上的积累。WT1阻止了GCs中FSH受体（Fshr）的表达，从而降低了次级卵泡对FSH诱导的反应性。另一方面，LSD1的缺失上调ATG16L2，导致GCs中自噬水平的抑制。最终该研究证实，LSD1通过其H3K4me2去甲基化酶活性，在GCs中加速自噬和抑制WT1表达，以确保GCs在AFs形成过程中对FSH的灵敏性。

LSD1通过介导H3K4甲基化，在GC中调节Wt1等细胞分化相关基因