跟随小编一起来瞧瞧菲沙基因全长扩增子产品升级内容有多嚣张跋扈?
价格有多惊爆?
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全面优化生信分析流程图
生信分析流程图不仅新增了例如:功能潜能分析、BugBase表型预测等模块,还重点优化了优势物种相关网络分析模块,且对整体分析模块均进行了优化,结果更规范,图形更加美化!新的分析工作流程还增加了ASV模块,同时保留了原来的OTU分析模块以满足不同客户的不同需求,本次流程升级主要借助Qiime2和R软件搭建,对于物种分类学注释更新了常用数据库版本,以及采用Qiime2中机器学习方法进行物种分类,注释率和精度有了显著提高,整体工作流在运行效率上有了质的飞跃。
(新增模块用“❆”标注,重点优化内容用“➶”标注)
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新增多个分析模块
(1)物种组成分析
物种组成分析由原来的4个模块增加至8个,新增了系统进化树图、桑基图、冲积图以及三元相图模块,其余模块也都进行了图片和结果的优化。
(2)alpha多样性分析
稀疏曲线和alpha多样性指数及差异箱型图分别都进行了Chao1、Faith_pd、Goods_coverage、Observed_features、Shannon、Simpson以及Ace(稀疏曲线除外)指数分析,新增了alpha多样性指数差异箱型图和物种累积曲线,所有模块均做了样品和分组的展示。
(3)beta多样性分析
beta多样性指数调整为:bray curtis、jaccard、unweighted unifrac和weighted unifrac 4种距离矩阵,PCA/PCoA/NMDS二维图增加了聚类圈的展示,同时增加了三维图的展示,样品层次聚类树由原来单调的树图升级为树图和物种组成bar图的组合图。
(4)差异物种分析
删除了比较旧的metastats分析,改为更加推荐的metagenomeSeq,同时还新增了正交偏最小二乘判别分析、指示物种分析和随机森林分析模块,通过多种差异分析方法查找两组或多组间显著差异分biomarker。
(5)功能潜能分析
新增了功能PCoA图展示和差异功能分析以及功能和微生物宿主来源分析。
(6)相关性与关联分析
关联分析部分重点优化了优势物种相关网络分析,增加了模块聚类以及多维度布局,旨在从不同角度挖掘潜在微生物关联,同时增加了拓扑指数计算和Zi-Pi分析以便您快速筛选潜在的hubs or Keystone species和分析所构建网络的稳定性。
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价格狂降