湖北钉螺基因组

文章题目：Chromosome‑level genome assembly of Oncomelania hupensis: the intermediate snail host of Schistosoma japonicum

发表期刊：Infectious Diseases of Poverty

影响因子：8.1

合作单位：中国疾控中心寄生虫病预防控制所

菲沙提供服务：基因组测序+分析

血吸虫病是人兽共患病，尤其日本血吸虫，其寄生于人体而致病，发病严重者可导致死亡。湖北钉螺是日本血吸虫的唯一中间宿主，其分布决定了日本血吸虫病的传播区。基于此，解析湖北钉螺的高质量基因组，厘清钉螺的分布与传播史，对于血吸虫病的防治工作至关重要。研究者基于PacBio+Hi-C构建了钉螺1.46Gb的高质量参考基因组，共预测得到30604个蛋白编码基因。系统进化分析表明，湖北钉螺是在大约1.7亿年前从小管福寿螺和梨形环棱螺的共同祖先中分化出来。基因家族收缩和扩增分析表明，湖北钉螺中有266个基因家族显著扩张，58个基因家族明显收缩，这些基因主要富集在与细胞内作用等通路相关。此外，与近缘物种相比，GPCR基因在钉螺中显著扩张，这可能有助于其快速扩散与分布。

银鲳鱼基因组

文章题目：Chromosome-level genome assembly of the silver pomfret Pampus argenteus

发表期刊：Scientific Data

影响因子：9.8

合作单位：中科院海洋研究所

菲沙提供服务：基因组+转录组

银鲳鱼（Pampus argenteus）是我国沿海主要的渔业品种之一，具有高度专业化的形态。本研究，研究者通过整合Illumina、PacBio-HiFi和Hi-C测序技术，获得了首个高质量的银鲳鱼染色体水平基因组。其基因组大小为518.06 Mb，contig和scaffold N50值分别为20.47 Mb和22.86 Mb。基于对应银鲳鱼24个染色单体核型的Hi-C数据，将序列锚定到24条假染色体上。从基因组中共鉴定出24696个蛋白质编码基因，BUSCO值为98.9%。总之，本研究构建了首个银鲳鱼基因组，可以为未来的进化、保护和水产养殖研究提供有价值的信息。

文章题目：Genome assembly of autotetraploid Actinidia arguta highlights adaptive evolution and dissects important economic traits

发表期刊：Plant Communication

影响因子：10.5

合作单位：中科院武汉植物园

菲沙提供服务：基因组+重测序

软枣猕猴桃存在多种倍性，四倍体是自然界中该物种的优势倍性，也是商业栽培中唯一使用的倍性。构建高质量的猕猴桃基因组，并进行群体分析，可以揭示该物种的起源及进化历史。基于高质量的HiFi组装与Hi-C互作分析，研究者证实了猕猴桃为同源四倍体，并通过WGD分析证实其大约在3.13个百万年前由二倍体祖先加倍形成现在的四倍体。101个样本的重测序分析表明，软枣猕猴桃大致分为南部亚群和北部亚群，研究者对两个亚群的扩张历史和环境适应性进行详细分析，并通过GWAS分析定位到了环境相关SNP位点。最后，基于代谢组学和转录组学鉴定到三个果实快速软化关键基因：AaCEL1、AaPME1、AaDOF1，还基于GWAS分析确定了软枣猕猴桃性别连锁区域，并通过转录组测序和WGCNA分析了参与性别建成的候选基因及相关网络，发现了大量与性别二态性形成相关的基因。

狗牙根基因组

文章题目：Whole-genome sequencing of allotetraploid bermudagrass reveals the origin of Cynodon and candidate genes for salt tolerance

发表期刊：The plant journal

影响因子：7.2

合作单位：华中农业大学

菲沙提供服务：基因组+重测序

狗牙根（Cynodon dactylon）是一种分布广泛的暖季草皮和饲草，在碱性环境中对盐度和干旱胁迫具有很高的耐受性。然而，该物种的起源和耐盐性的遗传机制基本上是未知的。基于此，本研究构建了狗牙根染色体水平的多倍体基因组序列，其基因组由2套完整的同源染色体组成，每套染色体约有30000个基因，大多数基因对处于保守状态。系统发育表明，狗牙根与Oropetium thomaeum大约在19.7和25.4个百万年前产生分化，其两套亚基因组在6.3-9.1百万年前产生分化。此外，研究者通过GWAS分析鉴定了82个与农艺性状相关的候选基因，其中3个单核苷酸多态性（SNP）与3个耐盐基因（RAP22、CNG通道和F14D7.1）强相关。这些基因可能与狗牙根的耐盐性有关。总之，本研究为狗牙根二倍体和四倍体基因组的进化提供新见解，并提高对狗牙根基因组耐盐性的理解。

灰杨基因组

文章题目：The chromosome-scale genome and population genomics reveal the adaptative evolution of Populus pruinosa to desertification environment

发表期刊：Horticulture Research

影响因子：8.69

合作单位：塔里木大学

菲沙提供服务：基因组+转录组+重测序

灰杨（Populus pruinosa）是一种能够在极端恶劣的沙漠环境中存活下来的植物。随着全球变暖和沙漠化的加剧，对灰杨的生态适应和物种分化的研究引起了广泛关注，但由于缺乏染色体级基因组的信息，限制了对其适应性进化的研究。本研究报道了灰杨的521.09 Mb染色体级参考基因组。基因组进化和比较基因组学分析揭示了灰杨中串联重复基因和扩增基因家族对极端沙漠环境（尤其是高盐和干旱）的适应性起到了重要作用。长末端重复转座子（LTR-RTs）插入基因体区域的基因可能推动了灰杨的适应性进化以及在盐碱沙漠环境中的物种分化。通过对中国25个种群的156个灰杨个体进行全基因组重测序，研究发现降水通过一些基因位点（如MAG2相互作用蛋白2和SET域蛋白25）驱动了灰杨群的局部适应。这项研究将通过整合灰杨的内部遗传因素和外部环境因素，为适应性进化和种群研究提供广泛的启示。