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菲沙基因再助攻,西北农林科技大学最新宏组学文章发表见刊!

浏览次数: 日期:2017年8月24日 17:32

论文标题:Metagenomic mining pectinolytic microbes and enzymes from an apple pomace-adapted compost microbial community

发表时间:2017822

发表期刊:Biotechnology for Biofuels

影响因子:5.203

发表单位:西北农林科技大学

1,研究背景

木质纤维材料中果胶的分解过程是生产生物燃料的一个关键步骤,利用与此过程相关的微生物和酶类来分解果胶具有经济高效和环境友好等优点。在这篇文章中,作者通过构建苹果渣与牛粪混合堆肥来富集具有高效分解果胶能力的微生物群体,然后采用16s和宏基因组测序,分析这些微生物群体中的物种组成和功能基因。

1. 研究策略

2,主要结果

16s群落多样性分析发现堆肥中主要由变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门组成,而在种水平上,不同时期的微生物则明显聚成了两类。

2. 堆肥不同时期的微生物群落丰度变化(门水平)

选择堆肥处理30天后的群落进行宏基因组测序,分析发现99.7%物种都是细菌,而古菌、真菌和其它未鉴定的菌只占很少一部分。推测原因是堆肥的温度此时达到55度以上,大部分真菌难以存活。使用不同的工具对宏基因组数据进行物种分类,发现主要由变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门组成,与16s的分析结果一致,选取丰度较高的物种进行系统进化分析。

3. 不同工具分析宏基因组数据的物种组成

4. 系统进化分析

通过COGKEGG功能注释,发现1756个潜在的基因能够编码分解果胶的酶,与NRCAZyENVSwiss-Prot数据库比对,发现其中129个是新鉴定出来的。系统进化分析表明,这些微生物群体广泛涵盖了果胶分解细菌的种类,并且很多种类是之前未鉴定出来的。此研究为其它工业微生物和工程酶类的富集筛选提供了很好的借鉴意义。

5. CAZymes在属水平的系统进化分析

菲沙基因此次助攻合作单位发表了二代宏基因组文章,随着研究的不断深入,三代宏组学的时代也已到来,菲沙基因是国内首家拥有PacBio Sequel三代测序仪的高新技术企业,已与广大科研学者合作完成各种二三代测序分析科研项目累积数百项,拥有成熟的实验技术、强大的生信分析能力和丰富的项目经验,期待与您的合作,助攻您的科研快速起飞!

参考文献:

Zhou M. et al., Metagenomic mining pectinolytic microbes and enzymes from an apple pomace-adapted compost microbial community. Biotechnol Biofuels (2017) 10:198. DOI: 10.1186/s13068-017-0885-y

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