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PacBio第三代测序仪读长再度升级

浏览次数: 日期:2014年11月4日 11:31

目前,第三代测序设备供应商Pacific Biosciences于2014年10月下旬再度升级了测序聚合酶和化学染料(P6-C4),PacBio的新试剂旨在进一步增加序列读取长度,长读长对于测序后序列拼装的意义大家都十分清楚了。

P6-C4试剂可以将PacBio的平均读取长度提高到10000bp或者更长,有>50%的序列长度都超过了14000bp,最长读长> 40000bp。并且,在通量上也有了进一步提高,升级后每个SMRT Cell的有效数据产出量可以大于550M。

本次升级同时发布的还有新的软件SMRT® Analysis v2.3。软件包括改进的长扩增子分析,Iso-Seq™应用,Quiver以及CCS,同时还有性能的提升。这些更新进一步增强了结果的准确度,加快了分析速度,并且为混合的各种大小的扩增子分析如全长HLA Class I 和Class II 基因提供了更多的选择。

长读取测序究竟于科研作用几何?

Mendelspod网站近日发布了一个“Long Read测序的崛起(The Rise of Long Read Sequencing)”的系列访谈。主持人Theral Timpson就long-read测序采访了基因组学领域的一些大牛。

第一位受访者是斯坦福大学的Mike Snyder,他最近在《Nature Biotechnology》和《PNAS》上发表文章,利用单分子实时(SMRT)测序来进行转录组分析,并证明了长reads能实现RNA分子的完全覆盖。在这次访谈中,他讨论了他的工作以及对long-read测序的看法。

Snyder在谈及转录组学时表示,若不利用long-read测序,转录组的解读方式将是疯狂的。
他解释道:“我们拿到RNA,将它切成小片段,然后我们试图将它们组装回去,看看转录组是什么样子的。这是一种可怕的方式,因为我们真正想做的是了解转录本的所有异构体。当你将它们打断并再次组装时,不一定能找到正确的那一块拼图。”

在近日发表的研究中,Snyder证明了利用SMRT测序,能够产生全长的转录本,而不需要将转录本打断。“long-read测序的力量在于能够捕获到完整形式的所有信息,而不需要去拼拼图。”Snyder认为,错误组装转录本有可能使人们无法理解到底是怎么回事。例如,同一肿瘤基因的不同异构体有着截然不同的功能,或许是健康的,或许是致癌的。

在被问及“$1000基因组的竞赛是否以牺牲质量为代价”时,Snyder回答说:“是的。”他认为,根据目前所认为的“$1000基因组”,“质量仍然还未到,还存在明显的差距。”
 
“人们没有意识到这一点,人类基因组上仍然有几百个缺口尚未关闭,”Snyder解释道。

而具有讽刺意味的是,在试图填补这些缺口的过程中,研究人员最终发现了更多错误。因此,人类基因组上的缺口数量在过去十年内一直相当稳定。

Snyder认为,PacBio的SMRT测序技术将通过跨过缺口、解决结构变化为这个问题提供一种解决方案,并为今天的测序质量提供“金标准”。

在这个系列访谈中,Theral Timpson之后还将采访Eric Schadt、Gene Myers和Dan Geraghty。

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