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PacBio Sequel测序续集上演

日期:2016年4月5日 15:26

PacBio SequelPacific Biosciences(美国太平洋生物科学公司)继RSRSII系统后推出的市面的第三款测序仪,其命名“Sequel”,一方面代表着Sequencing element,另一方面则代表着“续集”。今天小编为大家具体介绍一下,作为RSII的升级版,Sequel测序平台究竟有哪些特点。

1、测序通量增加7

PacBio测序技术的核心就是单分子实时测序(Single Molecule, Real-TimeSMRT),依靠每一个SMRT Cell进行DNA上样,就如同二代测序中的Lane一样。原有RSII测序平台设计的一个SMRT Cell中包含15万个单分子孔,平均一个Cell的数据产量为500M~1G,虽然测序读长随着测序试剂的升级不断提高(最高可达60kb),但是产量却成为了技术商业化的一个阻碍因素。最新的Sequel平台在SMRT Cell性能方面进行了升级,将一个Cell的密度由原来的15万个ZMW孔增加到100万个,换言之,一个SMRT Cell的数据产出提高了约7倍,而且在该系统推出之初平均读长就已经达到8~12kb,使得测序达到更高通量。随着不断的技术改良,一个SMRT Cell的容量还将继续提升至400~800万个ZMW孔,甚至更多。

2、测序成本下降

Sequel测序仪缩减了光学系统,将仪器机身大小改良为原来的1/3,相对于Illumina Hiseq的体积也小11%,但是增大了SMRT Cell运作空间。根据官方给出的数据,一台Sequel售价35万美元,为RSII仪器售价的一半,而在测序通量上7倍的提升更是进一步降低了测序的成本,采用目前的P6-C4试剂,平均每个SMRT Cell可产生5-10Gb的数据,按每个Gb的数据产出成本显著降低。因此新型的Sequel平台非常适合进行大规模的研究,结合设立在武汉东湖综合保税区的菲沙基因PACBIO测序中心,将为广大研究人员提供更多的便利。

         

3、项目周期更短

Sequel测序仪每次运行都可装载1~16SMRT Cell,样本制备仅需6小时,测序时间则为0.5~6小时,从样本制备到测序仅需1天时间就可以完成,并且可以根据实验设计具体要求进行调整。例如3G的人类基因组,进行50×测序,利用RSII需要约150Cell,大概要运行10轮,而现在则仅需约15Cell运行1~2轮可以完成,大大缩短了测序工作周期。

4、配套的数据分析

RSII系统相同,Sequel测序仪同样含有一个触摸屏用于操作和实时监测系统运行信息。配套了全新的SMRT Link软件界面,完善了一系列程序用于样本设置到数据管理整个过程的操作。

5、与RSII系统异同点

6、应用

l  基因组De novo测序,组装得到高质量的基因组

l  进行群体规模研究

l  获取全长转录组信息并检测可变剪切异构体

l  靶向基因区域全部类型的变异检测

l  直接检测表观遗传修饰

 小编手记:

GenomeWeb报道,PACBIO公司自去年10月初推出最新测序仪Sequel后,公司股价在短短一个月内翻倍增长。PacBio Sequel测序仪的横空出世无疑成为了全球生物界关注的焦点。菲沙基因作为基因组研究领域的先锋队伍,在初识这款体积小、通量高、成本低的新型号Sequel单分子测序仪,便立即联系PacBio公司订购了首批Sequel测序仪,并在今年3月迎来了菲沙基因PacBio测序中心的这位新成员,相信Sequel的加入定将为科研领域带来全新的三代测序体验! 

武汉菲沙基因信息有限公司目前已经开展了大量PACBIO三代测序相关项目并有重要成果发表,在三代测序及数据分析方面具有丰富的经验,公司拥有一支经验丰富的技术团队,开发了多个数流程,拥有多项软件著作权和发明专利。与PacBio公司联合建立的菲沙基因PacBio测序中心位于武汉东湖综合保税区,独特的区位优势大大降低了PACBIO测序成本,增强测序中心竞争力。

菲沙基因PACBIO测序中心即日起开始接受测序预约服务,计划于4月初正式对外运营,敬请期待!

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