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FeatureStack

日期:2016年1月28日 15:57

菲沙基因开发了用于比对基因和蛋白质结构的生物信息学软件FeatureStack

FeatureStack

杂志Bioinformatics

研究背景

基因结构比较分析有助于我们深入解读基因功能和进化关系。为了更好进行基因结构的比较分析,就需要将多个相关的基因模型并排显示在一个单一紧凑的图像中,并对序列特征如蛋白结构域进行高亮突出,以便用户进行功能注释和比较分析。

现在有少量的专业型软件可以用于基因结构比较分析的可视化,如FancyGeneGECAGSDS等,这些软件都多少存在一些局限性。例如FancyGene可以提供丰富的注释选项,但不能自动生成基因结构的比较图像;而GECA GSDS则可以快速生成多个基因图像,但是无法高亮显示基因模型的序列特征。

研究方法

依据BioperlBioGraphics分别开发了Bio::Draw::FeatureStackBio::Graphics::glyph::decorated_gene两个Perl模块。

研究结果

Bio::Draw::FeatureStackBio::Graphics::glyph::decorated_gene模块组合起来使用,可以快速生成展示多个基因结构特征的可视化图像。

FeatureStack返回的RFX 基因家族在各物种间的多态性特征

菲沙基因相关文献

1. Frech C, Choo C, Chen N. FeatureStack: Perl module for comparative visualization of gene features. Bioinformatics. 2012 Dec 1;28(23):3137-8.

所属类别: 菲沙软件

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