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比较基因组分析—秀丽隐杆线虫基因组拓扑结构保守性和功能性分析

日期:2016年1月21日 16:05

材料:已公布的C. elegans基因组数据

研究策略

使用公共的C. elegans组织特异性SAGE数据集,对C. elegans的转录表达模式和基因对物理布局之间的相关性进行系统的统计分析。对C. elegans基因组中拓扑缠结的极端情况下(即两个或两个以上基因的非编码区或编码区在物理空间上发生重叠)的保守序列和功能序列进行分析。

研究结果

u  位于同一条链且转录方向相同的邻近基因对的表达模式和位于不同链上转录方向相反的邻近基因对的表达模式之间呈现明显的正相关;

u  较全基因组范围而言,位于反义链且相向转录的基因之间发生转录耦合的几率明显偏低,这也许暗示机体内存在一种相互抑制机制;

u  相比其他基因而言,重叠基因对显得更为保守,并倾向于在必需基因或在RNAi干扰实验下表现特定表型的基因处富集。

基因表达模式相关性热图

基于组织特异性SAGE标签统计皮尔逊相关系数分布情况

菲沙基因相关文献

1.Chen N, Stein LD. Conservation and functional significance of gene topology in the genome of Caenorhabditis elegans. Genome Res. 2006 May;16(5):606-17. 

所属类别: 菲沙成果

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