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全长转录组的基本问题

日期:2015年12月28日 16:38

1、基因组测序和组装完成以后的主要任务是什么?

答:基因组注释,即寻找基因。主要包括蛋白编码序列,也包括长非编码基因(LncRNA)等。

2、通常转录本是如何得到的?

答:通常的基因表达分析是对转录组进行ESTRNA-seq测序。但是,ESTRNA-seq测序分析往往只能够捕获一个全长转录本的局部,随后生物信息学分析可以根据ESTRNA-seq测序结果进行组装,获得unigene(即根据EST组装而成的转录本)和根据RNA-seq并利用生物信息学软件Cufflinks组装而成的转录本。

3、由一代测序(EST)和二代测序(RNA-seq)得到的转录本有什么局限?

答:由于在转录本组装过程中,可能把来自同一个基因的不同转录本组装到一起,形成“嵌合”的转录本,这种转录本可能实际不存在,不能够知道蛋白的合成。

4、与原核生物的基因相比,真核生物基因有什么特点?

答:在真核生物中,特别是高等生物中,一个典型的基因具有很多个外显子和内含子,可能产生许多可变剪切异构体,这些这样可变剪切异构体可能具有强烈的组织表达特异性和发育阶段特异性,每个不同的可变剪切异构体行使不同的功能。但是,一个基因究竟可以表达出多少种不同的可变剪切异构体,用现在通用的方法不得而知。

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