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PacBio Sequel全新升级V2试剂即将推出

作者:frasergen日期:2017年1月12日 09:57

PacBio官方近期宣布将在1月23日推出最新的V2试剂,配套的分析软件也将升级至V4版,官方同时也表示,此次升级将为Sequel带来更多的亮点。

亮点1:平均读长提升至10~18kb

PacBio Sequel自2015年10月发布以来,其配套试剂版本已历经三次升级,从V1.1到V1.2,再到去年11月份的V1.2.1,在建库、上样等方面的效果已经逐渐与RSII持平,但读长方面则仍略微逊色,平均读长由V1.1的5~10kb逐渐提升到V1.2.1的9~14kb(具体数据情况可参看:抱歉久等了,珍藏的PacBio Sequel数据给您送来了)。本次PacBio对于V2试剂的提升似乎是信心满满,在1月9日发布的新闻中提出新版本试剂将使平均读长达到10~18kb,约一半的数据读长大于20kb,简而言之,就是Sequel的测序读长已经赶上RSII了!

亮点2:通量提升至5~8Gb

与上文谈到的观点相同,此前三个版本的试剂V1、V1.2、V1.2.1的下机数据虽然已经达到了每个SMRT Cell的产出5Gb左右,但是与早期的5~10Gb/Cell的预期还是存在一定距离,而且5Gb的产量也远远没有达到每个Cell一百万个ZMW单分子孔的饱和状态,因此对于每个Cell通量的升级也是大家期待已久的,PacBio公司表示本次最新试剂的发布将大大提升每个Cell的产量,由原来的1~5Gb升级至5~8Gb,而用于Sequel的测序样本类型和样本制备过程则与之前保持一致。

亮点3:匹敌RSII的应用范围

PacBio Sequel自发布以来,受限于样本制备、测序读长、产出等多方面的因素,其应用范围仍然非常有限,但是经过本次试剂提升,尤其是对读长和通量升级后,Sequel将开始在基因组de novo、宏基因组、转录组、靶向测序、结构变异检测等方面发挥优势。同时,升级后的性能也会为三代测序带来更大的应用前景,例如,升级后的V2试剂将使Sequel能够进行80kb大片段文库的测序,想必这个提升将对复杂基因组组装带来更多的可能。另一方面,新版试剂也将提升Sequel对于低覆盖度变异检测和靶向测序的能力,对于5kb以上的insertion检测灵敏度将提升3倍。

亮点4:V4版升级软件将适用于临床研究

此次PacBio Sequel的配套升级除了V2试剂外,官方还对软件进行升级,例如升级了碱基识别算法,可以增加碱基识别的准确性,同时新增的一些分析组件还将有助于临床研究使用,但官方并未针对软件的增加作过多说明,想来具体的特色分析也只有等到23号才能一睹全貌了。

到目前为止,PacBio Sequel在全球的安装数量已经超过110台,作为国内首批引入Sequel测序仪的服务商,菲沙基因的Sequel测序仪已进入了稳定运行期,利用V1.2.1试剂运行产量达到5Gb/Cell,平均读长9~14kb。此次发布的最新试剂也意味着Sequel性能逐渐向预期靠拢,但V2试剂的数据提升效果究竟如何,让我们一起拭目以待!

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