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抱歉久等了,珍藏的PacBio Sequel数据给您送来了

作者:Frasergen日期:2016年12月29日 09:14

引言:

2011年,PacBio的单分子长片段测序技术引起了行业内的广泛关注,到2013年PacBio RSII的正式推出,依靠单分子长片段测序技术所带来的科研浪潮开始席卷了整个科研界,近年来,PacBio技术更是在大型动植物复杂基因组组装上崭露头角,但是受限于PacBio RSⅡ通量上的限制,其测序成本一直让科研人员望而止步。2015年10月,PacBio Sequel的出现成功地为三代测序行业的带来了新的可能。PacBio Sequel不仅在长度上可以与PacBio RSⅡ相媲美,而且在通量上是PacBio RSⅡ的5-10倍。鉴于三代测序技术在科研甚至临床领域的发展潜力,菲沙基因在仪器发布最初就与PACBIO公司达成合作协议,投资5000万元建立菲沙基因测序中心,引入6台PacBio Sequel三代测序仪及其他高通量测序仪,目前首台Sequel已进入稳定运行状况,在菲沙科研团队不断调试与优化过程中达到了稳定可靠的产出。

一、初体验:Sequel V1.1

Sequel入驻菲沙基因以后,菲沙的研究团队经过几个月的调试与优化,在首批Sequel配套试剂V1.1到货后立即进行测试,采用V1.1试剂获得了第一批Sequel测序结果:

图1.V1.1试剂下机数据QC

图2.V1.1试剂Polymerase Read Length分布

结果显示,初次获得的测序通量约在3.5Gb/Cell,平均长度(Polymerase Read Length)为5.3Kb,结果有待进一步提升。

二、成长篇:普通版Sequel V1.2

2016年9月,菲沙技术团队经过几个月的努力,在上机条件的不断调试和试剂的不断优化后,菲沙采用更新后的V1.2试剂再次进行测试:

图3.V1.2试剂下机数据QC

 

图4.V1.2试剂Polymerase Read Length分布

结果表明,优化后的V1.2试剂较V1.1试剂测试结果有明显提升,在V1.1试剂测试结果中,平均长度为5.3Kb,而优化后的V1.2试剂测试结果中,平均长度达11.7Kb。

三、成长篇:优化版Sequel V1.2

首次V1.2试剂测试结束后,为了对测试结果进行提升,菲沙基因研究团队进一步对Sequel平台上机条件进行优化,采用相同文库上机测序后得到如下产出:

图5.V1.2试剂优化后下机数据QC

图6.V1.2试剂优化后Polymerase Reads Length分布

采用相同的V1.2试剂,对上机流程进行优化后,平均长度由11.7Kb增加到了13.7Kb。

四、进击篇:Sequel V1.2.1

2016年11月份,Sequel测序试剂又迎来了一次新的升级,菲沙利用最新版试剂V1.2.1对全长16S rDNA、基因组、转录组等多类样本进行测试,下机数据显示Sequel平台已进入稳定运行期,但产量和读长方面仍有很大的优化空间。

图7. 16S全长测序结果展示

 

图8.基因组测序结果展示

 

图9.全长转录组测序结果展示

 

菲沙三代测序平台

小菲寄语

PacBio Sequel测序系统自2015年10月发布后,仪器历经长达一年的调试、优化,配套试剂经过V1.1、V1.2、V1.2.1三个版本的升级,如今的测序性能已经开始趋向稳定,每个SMRT Cell产出均在5.0Gb以上,平均读长约9~14Kb,最长可达50Kb。按照仪器发布最初5~10Gb/Cell的预期产量以及定制化SMRT Cell的设想,预期接下来的一年中PacBio Sequel的配套升级还将会有大动作,而菲沙基因也在加大对Sequel平台的投入,针对不同物种、不同测序情况对Sequel平台进行持续的调试、优化,以期达到更好的测序结果。

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