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中科院遗传发育所联合菲沙基因发表小麦三代全长转录组成果

日期:2015年12月15日 15:35

                         

        在中科院先导专项和国家863以及973计划课题的支持下,129日,由中国科学院遗传与发育研究所王道文课题组和菲沙基因合作完成的优质小麦品种小偃81发育籽粒的三代全长转录组研究成果在国际知名期刊BMC Genomics在线发表,为进一步解析小麦籽粒发育过程的重要基因和网络提供了坚实基础。该研究成果为国内三代全长转录组研究新添一笔,菲沙基因也成为国内首家发表三代全长转录组研究成果的科技服务企业。

        普通小麦由于复杂的异源六倍体基因组特征,在结构和功能基因组学研究上受到了严重阻碍,高度的同源性也为传统转录组研究产生巨大阻力。为此,菲沙基因采用第三代测序技术,借助于PacBio的读长优势,不经过组装直接检测转录本的完整结构,获取高可信度的剪切位点和转录本模型,在此基础上进行基因剪切多态性分析,实现对已有注释结果的完善和提升。本次研究共发现3,026个新基因及9,591个新的同源异构体,结合小偃81发育籽粒的二代转录组数据,鉴定出了籽粒发育不同阶段呈现差异表达的基因6,030个,找出72个不同的小麦面筋蛋白基因的全长转录本,为解析小麦籽粒发育过程的关键基因提供了重要资源。

        菲沙基因与Pacific Biosciences公司联合在武汉光谷引进不少于6Sequel三代测序系统,建成大规模的三代测序中心。利用最新的三代测序技术,依托公司强大的生物信息平台,菲沙基因在人类健康、疾病防治、动植物研究、微生物应用等领域提供研究服务。菲沙基因希望与更多的科研工作者合作,在结合三代测序组学研究中抢占学科发展的有利先机。(刘红芳)

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