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基因组测序分析—解析Caenorhabditis briggsae基因组序列

日期:2016年1月21日 16:08

拉丁名: Caenorhabditis briggsae

基因组大小:108.48 Mb

研究策略

采用6.5X覆盖度的粘粒文库和10X覆盖度的BAC文库构建高精度的C.briggsae指纹图谱。进行超过10X覆盖度的全基因组鸟枪双端测序,组装获得C.briggsae的高精度基因组草图。最后与C.elegans进行比较基因组分析,挖掘C.briggsae的基因结构特性和进化关系。

研究结果

uC. briggsaeC.elegans都是土壤线虫,具有相同的染色体数目和基因大小,两者大约在一千万年前由共同的祖先分化而来;

u C. briggsae基因组中有12200个基因在C. elegans中有对应的同源基因,其中6500个基因有1个或多个明显可以检测到的同源基因,而大约有800C. briggsae基因在C. elegans没有对应的同源基因;

u C. briggsaeC. elegans几乎共享所有的ncRNAs

u  两种线虫基因组含有大量的共线性区域;

u  操纵子是线虫基因组的一大显著特征,在C. briggsae中高度保守,96%基因的排列情况都是一致的;

u  依据C. briggsae基因组信息,发现了1300个高置信度的C. elegans新基因。

     

Sra亚家族中的所有化学感受体基因的进化树

C. elegansC. briggsae基因组共线性关系示意图

菲沙基因相关文献

1. Stein LD, Bao Z, Blasiar D, Blumenthal T, Brent MR, Chen N, et al. The genome sequence of Caenorhabditis briggsae: a platform for comparative genomics. PLoS Biol. 2003 Nov;1(2):E45.

 

所属类别: 菲沙成果

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