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基因组测序分析—解析紫色球海胆基因组序列

日期:2016年1月21日 16:09

中文名: 紫色球海胆                 

拉丁名: Strongylocentrotus purpuratus

基因组大小:814 Mb

研究策略

对雄性海胆个体的精子进行全基因鸟枪测序(WGS)和BAC文库测序,其中WGS6X覆盖度,BAC文库测序为2X覆盖度。BAC文库的使用为基因组的组装提供了框架,有助于重复序列和高杂合度基因组的组装。

研究结果

u  紫色球海胆是研究现代分子生物学、发育、进化和细胞生物学的模式物种,其基因组杂合度很高;

u  紫色球海胆基因组含有23300个基因,虽然基因家族的规模小于其它脊椎动物,但是基本上可以代表所有脊椎动物的基因家族;

u  一些被认为是脊椎动物特有的基因也在紫色球海胆(后口动物)基因组中出现,此外在紫色球海胆基因组中还发现了一些不属于脊索动物的基因,这表明这些基因在后续脊椎动物进化中丢失;

u  发生在海胆和脊椎动物中的一些基因家族的扩展现象是独立进行的;

u  海胆具有由大量先天病原体识别蛋白介导的多样化和精细复杂的免疫系统,同时发现了其拥有许多人类疾病相关的基因;

u  海胆具有与脊椎动物同源的视觉、听觉、平衡和化学感受的相关基因,表明海胆具有很多未知的感官能力。

蛋白激酶进化树

特定后生动物的分泌信号分子-Wnt家族的基因调查分析

菲沙基因相关文献

1. Sea Urchin Genome Sequencing Consortium. The genome of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus. Science. 2006;314(5801):941-52.

所属类别: 菲沙成果

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