意见与建议
首页菲沙科研菲沙成果 > 转录组分析—C. briggsae的转录组分析
详细信息

转录组分析—C. briggsae的转录组分析

日期:2015年5月25日 16:10

材料: C. briggsae基因组数据

研究策略

genBlastGC. briggsae的基因组进行注释,并用RNA-SeqC. briggsae的基因注释信息进行验证和完善。

研究结果

u  获得了高度可信的C. briggsae基因集(23159个基因),其中7347个基因(占含内含子基因总数的33.9%)的所有内含子都有转录组数据支持;

u  大部分基因(14,812 68.3%)至少有一个内含子有数据支持,而这个比例在WormBaseWS228版本只有3.9%

u  C. briggsae发现了大量的反式剪接序列(SL1SL2变体),这是目前第一个全基因组范围注释C. briggsae操纵子的工作(1105个操纵子);

u  RNA-Seq分析显示在目前C. briggsae基因组中存在超过10000个小片段的组装错误,这些错误已经得到了矫正。

利用RNA-seq对线虫基因模型进行修正

C. briggsae操纵子分布情况

菲沙基因相关文献

1、 Uyar B, Chu JSC, Vergara IA, Chua SY, Jones MR, Wong T,, Baillie, DL, and Chen N. RNA-seq analysis of C. briggsae transcriptome. Genome Res. 2012 Aug;22(8):1567-80.

所属类别: 菲沙成果

该资讯的关键词为: