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生物信息数据库开发

  菲沙基因核心技术团队人员参与构建了大型生物信息学平台 WormBase,拥有大型生物数据库开发的经验,可以帮助科研人员构建特定物种的生物数据库。

        案例:

        秀丽隐杆线虫是生命科学研究中广泛使用的模式物种,具有周身透明、体型小(1mm)、世代时间短3天)、无性或有性繁殖等特点,以及不变的细胞谱系、相对简单的神经系统和紧凑的基因组(100 Mb)。WormBase研究团队的核心目标是对持续增长的各种线虫信息进行整合,构建一个可以web访问、精确度高的线虫数据库。除了作为静态数据库外,WormBase还整合有大量的生物信息分析工具,为线虫研究人员提供界面友好、全面的数据挖掘环境。

WormBase显示两个基因组之间的共线性区域

      菲沙基因相关文献:

        1、  Harris TW, Chen N, Cunningham F, et al. WormBase: a multi-species resource for nematode biology and genomicsNucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(Database issue):D411-7.

        2、  Chen N, Lawson D, Bradnam K, et al. WormBase as an integrated platform for the  C. elegans ORFeome. Genome Res. 2004 Oct;14(10B):2155-61.

        3、  Chen N, Harris TW, Antoshechkin I, et al. WormBase: a comprehensive data resource for Caenorhabditis biology and genomics. Nucleic Acids Res. 2005 Jan 1;33(Database issue):D383-9.

        4、  Schwarz EM, Antoshechkin I, Bastiani C, et al. WormBase: better software, richer content. Nucleic Acids Res. 2006 Jan 1;34(Database issue):D475-8.

        5、  Bieri T, Blasiar D, Ozersky P, et al. WormBase: new content and better access. Nucleic Acids Res.2007 Jan;35(Database issue):D506-10.