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Sequel专题

PacBio Sequel专题

Sequel外观:

     

得益于测序系统的优化,光学系统的缩减,Sequel系统变得更加灵巧,身体体积和重量仅为原来的1/3,相对于Illumina Hiseq的体积也缩小11%,但是增大了SMRT Cell运作空间。从价格方面来看,售价减少了一半

Sequel系统工作界面:

 

核心技术:SMRT测序

PacBio SequelPacBio公司继RSRSII系统后推出市面的第三款测序系统,核心技术是Single molecule Real-TimeSMRT)测序,即单分子实时测序,就是能够实现单个DNA分子的测序,并且实时监控测序结果。

Sequel测序系统特点

1) 测序通量增加7

Sequel系统在SMRT Cell性能方面进行了升级,将一个Cell的密度由原来的15万个ZMW孔增加到100万个,换言之,一个SMRT Cell的数据产出提高了约7倍,而且在该系统推出之初平均读长就已经达到8~12kb,使得测序达到更高通量。随着不断的技术改良,一个SMRT Cell的容量还将继续提升至400~800万个ZMW孔,甚至更多。

2) 测序成本显著降低

Sequel测序系统缩减了光学系统,将仪器机身大小改良为原来的1/3,相对于Illumina Hiseq的体积也小11%。但是增大了SMRT Cell运作空间。根据官方给出的数据,一台Sequel售价35万美元,为RSII仪器售价的一半,而在测序通量上7倍的提升更是进一步降低了测序的成本,采用目前的P6-C4试剂,平均每个SMRT Cell可产生5-10Gb的数据,按每个Gb的数据产出成本显著降低。因此新型的Sequel测序系统非常适合进行大规模的研究,结合设立在武汉东湖综合保税区的菲沙基因PACBIO测序中心,将为广大研究人员提供更多的便利。

3)项目周期更短

Sequel测序系统每次运行都可装载1~16SMRT Cell,样本制备仅需6小时,测序时间则为0.5~6小时,从样本制备到测序仅需1天时间就可以完成,并且可以根据实验设计具体要求进行调整。例如3G的人类基因组,进行50×测序,利用RSII需要约150Cell,大概要运行10轮,而现在则仅需约15Cell运行1~2轮可以完成,大大缩短了测序工作周期。

(4)配套的数据分析

RSII系统相同,Sequel测序系统同样含有一个触摸屏用于操作和实时监测系统运行信息。配套了全新的SMRT Link软件界面,完善了一系列程序用于样本设置到数据管理整个过程的操作。

RSII系统异同

 

RSII

Sequel

平均读长

1015kb

812kb

ZMWs

15

100

数据量/SMRTCell

500Mb~1Gb

510Gb

SMRTCell No./Run

1~16

1~16

Run timeSMRTCell

0.5~6hrs

0.5~6hr

Multiplex Amplicons

384

1536

 

 

 

 

 

 

 

应用:

l  基因组De novo测序,组装得到高质量的基因组;

l  进行群体规模研究;

l  获取全长转录组信息并检测可变剪切异构体;

l  靶向基因区域全部类型的变异检测;

l  直接检测表观遗传修饰;