2023 SUMMARY
岁末年终,回顾2023年基因组研究的关键词,“T2T基因组”和“泛基因组”宛如两根定海神针,热度居高不下;“单倍型基因组”“复杂基因组组装”犹如两颗新星,冉冉升起。在过去的一年,菲沙基因立足测序技术服务主业,提高项目交付质量,以优质专业的技术水平,服务于高校与科研院所。
今天,小编将从“年终大事回眸”“项目文章概览”“精进升级之路”三大板块梳理基因组业务线的发展与变化,盘点菲沙基因组重磅项目文章,带领大家回顾菲沙基因组产品线的2023。
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年终大事回眸
2023年6月,国内首批PacBio Revio平台正式落地菲沙基因!仅用时一周,首批Revio实测数据重磅下机,正式开启HiFi测序新时代!
2023年6月,菲沙基因携手华中农业大学举办Revio平台核酸提取与文库构建培训班,探索Revio平台的魅力与潜力。
2023年7月,菲沙基因联合PacBio在南宁举办“HiFi测序助力动植物基因组研究”研讨会,参会人员100+。
2023年8月,菲沙基因在武汉总部成功举办首届T2T基因组线下培训班,为来自18家高校与科研院所的老师提供一对一实战指导。
2023年11月,菲沙基因组团队和表观遗传团队联合开展全网首个“泛3D基因组线上培训班”,订阅人数达到300+。
2023年,菲沙基因“智周万物”论坛共邀请五位动植物基因组研究方向的专家学者交流分享,内容涉及T2T基因组、图形泛基因组,累计观看次数达到3000+。
02
项目文章概览
2023年菲沙基因组业务线取得突破性进展,高分项目文章频发,共助力24家单位的28个研究团队在《Nature Genetics》、《Nature communications》、《Plant Communications》、《Genome Biology》、《Horticulture Research》等国际一流期刊发表高分文章,累计影响因子260+。部分代表性研究成果如下表所示:
2023年菲沙基因组业务线项目文章(部分)
2023年6月发表的玉米T2T基因组是第一个实现真正意义上的全基因组完整无间隙组装的复杂动植物基因组;2023年9月发表的辣椒图谱泛基因组和基因组变异图谱为栽培和野生辣椒物种的群体结构、驯化、种群分化和基因渐渗等提供了见解;2023年10月发表的拟南芥图形泛基因组图谱揭示大片段结构变异对不同生态型本地适应的遗传贡献,2023年12月发表的银耳单倍型T2T基因组揭示了古田银耳品种Tr01新染色体形成和产孢稀少的机制。
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精进升级之路
● 利刃出鞘 | PacBio Revio大展拳脚
自2022年被《Nature Methods》评为年度技术以来,HiFi测序被越来越多地应用于各类重要的研究项目中,在处理基因组中复杂且具有挑战性的区域时,展现出强大的能力。2022年10月,PacBio 宣布推出Revio 长读长测序系统。2023年1月,菲沙基因与美国Pacific Biosciences公司(基因公司)签署合作协议,引入最新PacBio Revio测序平台。2023年6月,菲沙基因正式启用Revio平台,各项指标均为行业领先水平。年关将至,PacBio更是推出了SMRT LINK V13.0,菲沙基因正在更新中,期待后续能够带来大幅提升。
● 精益求精| 项目交付减时提质
完善的参考基因组是作物遗传改良、重要功能基因挖掘、遗传印记等研究的基础。T2T基因组解决方案的提出大大提高了基因组的连续性和完整性。在Hifiasm软件支持同时输入HiFi、Utra long reads的前提下,菲沙成功搭建T2T 2.0组装流程,完成全套T2T基因组仅需1个月,组装指标大幅提升,实现快速高质交付。
● 开放共享|生信分析人人可及
菲沙基因始终牢记“以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展”的使命。作为一家提供测序技术服务、生物信息服务的公司,菲沙率先将T2T基因组构建流程公开,授人以渔。“T2T基因组构建”系列推文备受好评,“T2T基因组实操训练营”成功帮助诸多专家学者解决实操过程中的问题。
2023 SUMMARY
随着PacBio Revio应用规模的扩大、客户需求的多样化,应用场景的不断拓展,菲沙基因组业务线围绕基因组组装、分析流程优化、课程培训的升级之路仍在继续。新的一年,菲沙基因将会吸取经验,推陈出新,为各位科研工作者提供更加优质专业的服务!