近年来，菲沙基因Hi-C技术愈发炉火纯青，每年构建上千例Hi-C文库，物种范围涵盖了各种动物、植物、微生物（细菌、真菌、群落），还包括一些疑难样本，如昆虫、海洋类软体动物、中草药、藻类等...... 不但数量之多，范围之广，最关键的是数据质量也非常好，赢得了广大客户的一致好评。菲沙基因将凭借超高数据质量、高通量、极速周期打造全国“Hi-C建库中心”，给每一个客户交付满意的答卷！

收到样品后，我们会进行交联质检，评估样品是否可以用于建库，在建库完成后会进行小测及数据质控，根据HiC-Pro质控得到的有效数据率（valid pairs / unique mapped pairs）来评估文库质量。该指标主要受到样品质量的影响，对于交联效果良好，染色质较完整的样品，Hi-C建库得到的数据质量通常比较高。需注意的是，以下展示的是小测数据的有效数据率，由于Hi-C大测的数据量通常较大，大测之后的有效数据率可能会由于冗余的升高而稍微降低。

菲沙基因动物Hi-C物种经验节选

人、鼠、家禽类这些常规动物样品，相对来说比较简单，我们的Hi-C有效数据率通常可以达到70%以上，最高可达90%以上！

鱼类组织样品，通常来说也是属于比较简单的样品，不同组织的难易程度稍有差别，辅助基因组组装的项目，一般优先建议取肝脏组织，其次是血液、肌肉，对于较珍贵的无法解剖的鱼类，可取不影响其存活的或者能够再生的组织，一般都可以得到较好的结果。研究空间互作的项目，则应该选取感兴趣的目标组织。

不同于常规动物，一些昆虫、海洋类的软体动物（螺、虾、贝）等物种，由于这类组织样本成分复杂，很多昆虫小到难以解剖，只能用整只昆虫进行实验，这给Hi-C建库带来了较大困难，菲沙基因经过多年的经验积累，不断优化，现如今针对这类疑难动物，建库效果也有了明显提高，有效数据率通常也可以达到60%以上，最高可达90%以上！

菲沙基因植物Hi-C物种经验节选

菲沙基因植物样品的项目经验是最多的，组织类型以幼嫩的叶片居多，部分较老的叶片也能够成功构建出文库，其次是茎、根、果实组织，难度依次加大，但有效数据率通常也可达到70%以上，最高可达90%以上！一些多糖多酚类、中草药、藻类或容易降解的疑难植物，大部分我们也能得到高质量的数据效果。辅助基因组组装的项目仍优先建议寄送幼嫩的叶片。对于研究空间互作的样品，考虑时空特异性，则应该根据研究目的取相应时期的相应组织。

菲沙基因微生物Hi-C物种经验节选

真菌虽然有细胞壁，建库难度不亚于植物，一些丝状真菌更是难处理，但得益于我们的流程得当，真菌的效果目前居然表现非常好，尤其是酿酒酵母，有效数据率基本上稳定达到90%以上，在这些真菌中，酿酒酵母强势霸屏，我们也几乎成为了酵母Hi-C专业户。

最后，我们来看最难的细菌样品，细菌由于没有细胞核，无核小体结构，细胞中DNA结合蛋白的数量显著少于动植物真菌细胞，DNA结构相对松散，大量裸露的DNA容易受到核酸酶的攻击被消化降解，集众多细菌和杂质于一身的微生物群落样品则是难上加难，这给Hi-C建库带来了很大的挑战，很多细菌样品在进行第一步的交联质检就会出现严重降解，使得细菌Hi-C的有效数据率明显低于其它类型样品。我们对细菌样品的Hi-C也做了很多优化，如今有效数据率基本可以达到30%以上，互作热图效果较好，可以满足后续分析需求，为细菌互作研究奠定了良好的基础！

大肠杆菌Hi-C互作图谱(小测数据，分辨率4kb）