鳞属昆虫基因组

文章题目：Chromosomal-level genome assembly of the springtail Tomocerus qinae (Collembola: Tomoceridae)

发表期刊：Genome Biology and Evolution

发表时间：2022年3月

测序技术：llumina+ONT+Hi-C

主要结果：

鳞跳虫科（Tomoceridae familly）是弹尾目中最先分化出去的昆虫，其对于了解弹尾目的进化至关重要。本研究中，研究者利用ONT和Hi-C测序构建了高质量的Tomocerus qinae基因组，其基因组大小为334.44 Mb，Contig N50=13.94Mb，BUSCO评估基因组完整性为96.8%。通过基因组注释，共获得20451个蛋白编码基因，其中96.0%的基因都能得到功能注释，重复序列占基因组的比重为26.11%。基因家族收缩扩张分析表明，Tomocerus qinae基因组中有4825个基因得到扩张，其中47个得到显著扩张，这些基因主要富集在与增长和生殖相关的通路中。总之，本研究为弹尾目的进化和比较基因组学分析提供了重要的基因组资源。

图1  Tomocerus qinae基因组的收缩和扩张分析

小核盘菌基因组

文章题目：High-Quality Genome Resource of the Phytopathogenic Fungus Sclerotinia minor LC41,the Causal Agent of Sclerotinia Blight on Lettuce in China

发表期刊：Plant Disease

发表时间：2022年3月

测序技术：PacBio+Illumina

主要结果：

小核盘菌（Sclerotinia minor）是一种具有广泛危害性的植物病原菌，可以广泛侵染单子叶和双子叶植物，目前主要以化学防治的方法来根除小核盘菌，但成本较高且效果不理想，构建高质量的小核盘菌基因组可为其生物防治提供参考依据。本研究中，研究者通过PacBio和Hi-C测序，构建了高质量的小核盘菌基因组，其基因组大小为39.28Mb，Contig N50=0.44Mb，Scaffold N50=2.3Mb，GC含量为41.91%，BUSCO评估和二三代数据比对证实了基因组组装的准确性。通过注释，共获得了11182个蛋白编码基因，其中422个属于碳水化合物活性酶（CAZymes）、1358个属于细胞色素P450蛋白。综上，本研究构建了高质量的小核盘菌基因组，为其后续基因功能的研究提供了新见解。

图2  小核盘菌基因组特征

银鼓鱼基因组

文章题目：Establishment of the Y-linked Dmrt1Y as the candidate sex determination gene in spotbanded scat (Selenotoca multifasciata)

发表期刊：Aquaculture Reports

发表时间：2022年3月

测序技术：BGI

主要结果：

银鼓鱼（Selenotoca multifasciata）是我国东南沿海的重要养殖鱼类，具有较高的营养和经济价值。研究者利用二代测序构建了银鼓鱼的基因组草图，系统发育分析表明银鼓鱼与金钱鱼亲缘关系较近，两者在13.1个百万年前产生分化。基于性别连锁标记（84个个体），研究者在银鼓鱼群体中获得了3个性别连锁标记（Marker 1、2、3），其中标记1和标记2在雄性鱼类中只能扩增562bp和881bp的Dmrt1特异性条带，而在雌性鱼类中没有扩增条带。Marker-3在所有雌性中扩增出373bp的单条带，在雄性中扩增出373bp和294bp的双条带，序列分析表明294和373 bp为Dmrt1同源序列，这些结果表明银鼓鱼具有XY性别决定机制。最后研究者通过基因克隆证实了属于雄性特异性表达基因，是银鼓鱼性别决定机制的候选基因。总之，本研究构建的银鼓鱼基因组及其性别决定机制信息将促进银鼓鱼的人工繁殖和育种进程。

图3  Dmrt1基因的表达验证

甲腹茧蜂基因组

文章题目：A Chromosome-Level Genome Assembly of the ParasiticWasp Chelonus formosanus Sonan 1932 (Hymenoptera:Braconidae)

发表期刊：Genome Biology and Evolution

发表时间：2022年1月

测序技术：llumina+PacBio +Hi-C

主要结果：

台湾甲腹茧蜂（Chelonus formosanus）可以在“卵幼虫”期寄生在多种鳞翅目害虫中，是鳞翅目害虫生物防治的理想材料。本研究中，研究者利用PacBio和Hi-C技术构建了台湾甲腹茧蜂染色体水平的基因组，其基因组大小为139.59Mb，contig N50=5.59Mb，并将99.46%的序列锚定到7条染色体上。结合基因注释，共鉴定到11242个蛋白编码基因，重复序列含量为22.25%，还鉴定到324个非编码RNA。通过比较基因组分析，发现有58个基因家族显著扩增，包括化感基因家族（气味受体和离子受体），它们可能会在广泛的宿主寄生中发挥重要作用。总之，本研究构建的高质量参考基因组可为鳞翅目害虫的生物防治研究提供新见解。

图4  台湾甲腹茧蜂的比较基因组学分析

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参考文献：

[1] Pan Z, Jin J, Xu C, et al. Chromosomal-level genome assembly of the springtail Tomocerus qinae (Collembola: Tomoceridae)[J]. Genome Biology and Evolution, 2022.

[2] Yang D, Luo T, Wei J, et al. High-Quality Genome Resource of the Phytopathogenic Fungus Sclerotinia minor LC41, the Causal Agent of Sclerotinia Blight on Lettuce in China[J]. Plant Disease, 2022: PDIS-10-21-2150-A.

[3] Jiang D N, Huang Y Q, Zhang J M, et al. Establishment of the Y-linked Dmrt1Y as the candidate sex determination gene in spotbanded scat (Selenotoca multifasciata)[J]. Aquaculture Reports, 2022, 23: 101085.

[4] Liu J F, Zhao H Y, Song Y F, et al. A chromosome-level genome assembly of the parasitic wasp Chelonus formosanus Sonan 1932 (Hymenoptera: Braconidae)[J]. Genome Biology and Evolution, 2022, 14(1): evac006.