菲沙基因的拳头产品之一-三维基因组广受大家欢迎，其中有很多老师在菲沙基因进行了ATAC-seq和CUT&Tag，这两个技术的重要结果文件之一是可用于可视化浏览的peak文件（bw、narrowPeak文件），为了让更多人知道如何使用此文件进行可视化，今天小编就给大家详细演示下如何利用IGV软件对我们的peak文件进行全基因组“点哪看哪”的可视化步骤。

IGV是什么？

        IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地的探索基因组数据的可视化浏览器，它拥有多个系统版本，支持多种不同类型的输入格式，包括芯片测序、二代测序、基因组注释文件等，如下表所示文件均可使用IGV查看。相关网址如下：

        IGV官网：

        http://www.igv.org

        IGV下载网址：

        http://software.broadinstitute.org/software/igv/download

        JAVA 下载:

        https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp

        完整的官方说明：

        http://software.broadinstitute.org/software/igv/book/export/html/6

IGV实操演示

        下面为大家展示IGV的操作步骤。

        1. 打开IGV

        先按提示安装IGV，在短暂的小窗口黑屏后会进入导入基因组的进度条，请耐心等候IGV界面。

        2. 进入IGV界面

        从整个界面来看，主要有5个区域，分别如下图所示：选择基因组区域、选择染色体区域、输入特定的基因组位置区域、信号可视化区域、基因注释区域。

        3. 导入基因组

        导入基因组分为自动导入和手动导入。自动导入则是导入IGV内置的物种基因组，如果待分析的基因组不在内置中，则需要手动导入。

        自动导入基因组：点击More，寻找对应的物种基因组。目前IGV内置基因组共包含156个物种，详情请点击查看：

http://software.broadinstitute.org/software/igv/Genomes

        手动导入基因组：需要准备的文件有基因组序列FASTA文件（必需）、基因组注释GTF文件（非必需，格式可为BED、GFF或genePred table所有变形格式）、基因组名转化文件（非必需）。步骤如下：

        4. 导入目标文件（bw、narrowPeak）

        我们交付的文件中含有①peaks.xls；②_pileup.bw；③peaks.narrowPeak。其中①可以用Excel打开查看peak信息，②③则可以选中后直接拖入IGV界面进行可视化浏览。

         5. 选择目标位置进行可视化浏览

        （1）选择指定染色体、输入目标位置或直接在位置区域输入基因名。点击右上角的分辨率按钮就可以对目标区域进行放大和缩小处理，也可以左右拖动信号峰。

        （2）右键bw文件，可以调整一些参数，包括样品名称、信号峰的颜色、信号值的范围等。

        可视化的类型包含有热图、柱状图、点图、折线图，图例如下：

        （3）右键Gene，可以对基因注释文件的展现形式进行调整。

        基因注释文件包含三种可视化类型，图例如下：

        （4）将多个样本的信号值放在一起进行比较

         如下图所示，将一个样本的信号峰设成粉红色，另一个样本的信号峰设成蓝色，信号值高度均设置为100，形式为柱状图，范围保持一致（Group Autoscale）即可直观的进行比较。

        如果要将信号值合并展示，可以选中两个bw文件后右键Overlay Tracks即可实现。

        6. 保存图片

        点击File/Save image即可保存当前视野中的图片。

        以上就是使用IGV查看ATAC-seq或CUT&Tag peaks的基本操作步骤，是不是很简单呀？此外，如果是Hi-C数据，我们还有基于WashU的 Hi-C Studio可视化浏览器，复杂的数据，可以简单看哦！赶快联系菲沙基因开展三维基因组研究吧。