一份耕耘，一份收获！2019年，菲沙基因RNA产品线科研合作覆盖到不同领域，协助客户先后在《Developmental Cell》、《The Plant Journal》、《BMC Genomics》、《Plant Cell Physiol》、《Frontiers in Microbiology》、《BMC Plant Biology》、《Plant Physiology and Biochemistry》等期刊发表SCI文章，影响因子累计42+，服务类型涉及全长转录组、单细胞转录组、原核转录组和真核转录组。

2019年菲沙基因转录组项目文章集锦

01全长转录组项目文章

3+2转录组测序揭示小麦籽粒、旗叶热感应和热信号传导调控机制

题目：Hybrid sequencing reveals insight into heat sensing and signaling of bread wheat

测序策略：Pacbio SMRT+Illumina

研究结果：小麦(Triticum aestivum L.)是全球重要的农作物，面临着高温胁迫的挑战。但它们的多倍体性质、基因组序列注释不完全、全面的HS转录组缺乏等信息正阻碍着人类对其HS适应过程的充分认识。本研究结合PacBio SMRT测序和Illumina测序，绘制出HS下小麦旗叶和灌浆籽粒的高分辨率的时空动态转录组图谱，生成全面的HS应答全长转录本动态列表，补充了最近发表的小麦参考基因组信息，同时提出小麦HS应答的基因转录调控和可变剪切调控的差异模式。

全长转录组技术揭示短日照下菊花花色变化的分子机制

题目：Transcriptome analysis of the molecular mechanism of Chrysanthemum flower color change under short-day photoperiods

测序策略：Pacbio SMRT+Illumina

研究结果：本研究采用PacBio SMRT技术和NGS技术对ND和SD条件下4个发育阶段的金背大红菊转录组进行解析，共获得89,477 个unigenes。ND条件下，花青素生物合成途径中62个unigenes的表达和SD条件下相比存在巨大差异，HY5-1、HY5-2、HY5-3、HY5-4、CHI1、3GT1基因在花青素生物合成积累中具有重要意义，其中ELONGATED HYPOCOTYL5 genes的表达显著上调，在控制花色中起主导作用。

全长转录组技术解析大白菜花药转录本及可变剪切

题目：Single-molecule real-time sequencing facilitates the analysis of transcripts and splice isoforms of anthers in Chinese cabbage (Brassica rapa L. ssp. pekinensis)

测序策略：Pacbio SMRT

研究结果：本研究采用Pacbio SMRT测序技术对大白菜花药的全长转录组进行解析，揭示了花药发育的转录组复杂性。SMRT测序最终获得了725731条高质量FLNC，覆盖19503个基因，共51,501个isoform（其中的42683个isoform为新isoform，分别为已知基因的38992个新isoform和新基因的3691个新isoform）。新isoform中，共鉴定出407个长链非编码RNA (LncRNA)和37549个开放阅读框(ORFs)。共识别到453,270个可变剪接事件(AS)，其中近似外显子跳越事件(XSKIP)在花药中广泛发生。53个花药发育的关键基因中，SERK1、CALS5、NEF1和CESA1/3基因发生大量的可变剪切事件。本研究还确定了大白菜花药发育的104个融合转录本和5806个发生选择性聚腺苷酸化(APA)的基因。

02原核转录组项目文章

生物膜产L-苏氨酸的高效发酵工艺

题目：Efficient biofilm-based fermentation strategies for L-threonine production by Escherichia coli

测序策略： Illumina

研究结果：I型菌膜是Escherichia coli等革兰氏阴性菌形成生物膜的重要因素之一。fimH编码的蛋白能够被分泌并位于I型菌膜的顶部，它作为一种粘附素，发挥着生成生物膜结构的关键功能。细胞可以利用这些结构获得营养，并承受剪切力。被生物膜覆盖的大肠杆菌细胞可以耐受更严格的条件，如高渗透压、限氧、细胞密度高，这是发酵过程中所期望的特性。研究者共设计得到3种工程菌株：E. coli W1688, E. coli W688-fimH*（fimH过表达）和E. coli W1688-ΔfimH（fimH敲除），分别对3种菌株发酵液进行生物膜密度，L-苏氨酸产量及葡萄糖消耗等生理生化实验测定和转录组测序研究，结果显示fimH过表达工程菌株E. coli W1688-fimH* 在工业化培养条件下成功促进了生物膜的形成，可用于L-苏氨酸的连续固定化发酵并显著提高L- 苏氨酸的产率。

03真核普通转录组项目文章

油菜素类固醇通过高冗余基因调控六倍体小麦根系发育

题目：Brassinosteroid Regulates Root Development with Highly Redundant Genes in Hexaploid Wheat

测序策略： Illumina

研究结果：油菜素类激素（BR）是一种重要的植物激素，在植物发育和抗逆性方面发挥着重要作用。然而，由于小麦基因组的异常复杂和冗余性，使得我们对BR在小麦中作用的认识受到了限制，阻碍BR的功能研究。本研究以小麦幼苗根系为模型，通过细胞学、基因组学和遗传学的综合研究，确定了BR在调控根系直径和侧根出现中的新作用，探索和评价小麦BR途径的全局特性。本研究对六倍体小麦潜在的基因组成、冗余和分化进行的表征为研究BR途径以及更广泛的多倍体物种的调控机制提供新的思路。

辣椒第一花节高密度遗传图谱构建及QTL定位

题目：High-density genetic map construction and QTL mapping of first flower node in pepper (Capsicum annuum L.)

测序策略： Illumina

研究结果：第一花节（FFN）是评价辣椒果实早熟性的重要性状，该性状受数量性状位点(QTL)控制。然而，有关QTL定位和基因表达的研究还很有限。开发了辣椒的（Capsicum annuum L.）高密度遗传图谱。根据辣椒的注释信息，在Ffn2.1和Ffn2.2区域内发现了59个候选基因，其中3个有差异表达，通过GO、KEGG和Swiss-prot分析，最终确定了一个与FFN相关的基因CA02g30020，编码F-box-LRR蛋白（菲沙担任转录组测序分析）。

04单细胞转录组项目文章

转录组技术解析植物胚胎由母本控制向合子控制转换过程中遗传信息的调控机制

题目：Two-Step Maternal-to-Zygotic Transitionwith Two-Phase Parental Genome Contributions

测序策略： Illumina

研究结果：该研究以双子叶植物拟南芥为材料，赵鹏老师建立了一系列单细胞操作技术，成功分离了深埋在母体组织内生活卵细胞、合子及早期胚胎；并利用菲沙高通量RNA-seq技术解析了卵细胞、受精卵及早期胚胎的表达谱特征，构建了目前最为完整的拟南芥卵细胞、合子和早期胚胎表达谱数据库。通过表征拟南芥的卵细胞、受精卵和胚胎单细胞转录组，证明受精卵发育过程中植物MZT与动物相似，遵循一个典型的两步过程。来自母本和父本基因组对合子转录组的相对亲本贡献是阶段性的，球形受精卵的特征是母系主导的转录组，而伸长的合子转录组则呈现相等的亲本贡献。

2019，激情澎湃 奋勇向前

2020，以梦为马 不负韶华

        菲沙基因专注于打造从测序样品的保存、制备、测序到生物信息学分析的完整闭环，开发并优化了一整套覆盖多物种、多组织和多类型的样品处理、测序和分析体系，为高等院校、科研机构、医院和个人提供转录调控科研服务，包括全长转录组测序分析、真核普通转录组测序分析、原核转录组测序分析、单细胞转录组测序分析等，技术资质和水平国内先进。