大家好，我是人气美女网红ATAC-Seq。最近有件烦心事，需要大家帮我出出主意。事情是这样的，由于我在我们屯的知名度越来越高，大家对我的关注也越来越多，十里八乡的名门望族都上门来提亲，希望能和我们家族联姻。对于这件事呢，我自己是不着急的，怎奈父母倒是十分着急。本来吧，一般的人家是入不了我的眼的，但是这次来提亲的这些人家里，有几家人的家世让我很是动心。

候选人一：家底雄厚的R先生

        最先来的这家，我们就暂时称作R吧，成名作是RNA-Seq。这家人之前倒是有接触过，是本地的很有名气的家族，家底雄厚，门徒众多。我曾经和这家有过合作，合作的过程还是挺愉快的。

图1 ATAC-Seq与RNA-Seq多样本联合分析

        在这次合作中，我们借助ATAC-Seq和RNA-Seq多样本的数据，通过相关性矩阵的方法，将远端的ATAC富集峰同基因表达关联在一起，构建了远端调控元件与基因间的调控网络（图1）。

候选人二：外表禁欲，内心火热的C先生

        紧接着来的这家，暂时称作C吧，成名作是ChIP-Seq。这家人看上去挺有高冷范的，对一般人爱理不理，熟悉了之后对人倒是挺热情的，而且这家人的技能和我的其实挺互补的。虽然我能切开基因组上裸露的DNA，但是有时候会遇到一些切不动的地方（图2左），这些地方通常都是很小的区域，比核小体小得多。在C家人的帮助上，我就可以识别这些切不动的小区域内，有哪些转录因子结合在DNA上了。更加厉害的是，通过对照组和处理组间的比较，我还可以找到转录因子在两组样本中的结合差异（图2 右）。而且，对于多样本的ATAC-Seq数据，我还可以找到各个分组样本中特异性的转录因子结合位点（图3）。

图2 ATAC-Seq数据进行转录因子印记分析的示意图

图3 多样本ATAC-Seq数据中的转录因子motif聚类分析结果示意图

候选人三：又高又帅又富的W先生

        登门提亲的第三家，称作W吧。这家人都是高富帅，花钱都很大方，成名作是WGS。通过WGS能够得到很多的基因组变异信息，但是只有部分信息是与基因直接关联的，很大比例的变异位点（SNP）都是在内含子或者基因间区。和ATAC数据联合分析后，可以知道WGS中的哪些SNP是能够影响染色质开放性的（图4左），是否有可能在突变后形成新的motif位点（图4右）。更厉害的是，利用WGS中的突变位点信息对ATAC-Seq数据进行分型后，可以很好的阐述SNP对染色质开放的影响（图5），这对解释WGS的结果有很大的帮助。

图4 ATAC-Seq数据和WGS数据联合分析示意图

图5 利用SNP分型后ATAC-Seq数据阐明SNP突变对染色质开放性的影响

候选人四：豪门新锐的M先生

        最后来的这家，我们将其称作M，这家人的成名作是WGBS，是新晋的豪门。无论是在远端还是近端的富集区域，这家人其实和我挺合拍的（图7）。而且，这家人最近新开发了名为mATAC-Seq（methyl-ATAC-seq measures DNA methylation at accessible chromatin）的新业务，以后就可以将ATAC和WGBS一起做了（图8）。

图6 染色质开放性和DNA甲基化联合分析结果示意图

图7 染色质开放性和DNA甲基化相关性

图8 mATAC数据和WGBS甲基化数据在基因上的相关性

        事情就是这个样子的。这四家人各有各自的优势，真是让人很难抉择。希望大家帮我出出主意，我会认真考虑大家的建议。