重测序产品分类

根据研究目的及样本情况，重测序产品分为BSA性状定位，遗传图谱，群体进化，GWAS。

研究方法

全基因组重测序（WGS）

简化基因组测序

全基因组重测序技术

        对基因组序列已知的个体进行全基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。

简化基因组测序

        指用限制性内切酶对基因组进行简化，只对酶识别位点相关的DNA进行高通量测序，其中RAD测序文库构建首先应用限制性内切酶EcoR I对基因组进行酶切，然后分别对每个样本进行物理打断，构建200~400 bp插入片段文库，然后进行双末端（Paired-End）150bp测序；GBS测序通过Mse I、EcoR I、Nla III、Hae III等单酶或组合酶切进行简化，获取酶切位点附近的序列信息, 捕获区域为全基因组的1%～3%左右。

        WGS测序获得的基因组信息全面，高分文章青睐，重复利用率高，但成本较高。

        简化基因组测序快速、简便、低成本，但只能获得SNP等信息，并且用酶切的片段进行测序，基因组覆盖度低，获得变异信息不全，建库前需要进行酶切评估，建库分析结果，受酶切评估结果和基因组组装质量所限，发表文章影响因子比较低。

BSA性状定位

        BSA性状定位（Bulked Segregation Analysis）： 是使用混池测序（Pool-seq）方法，利用集群分离分析法（BSA）快速有效地寻找与目标性状相关联候选基因区域的高效、低时耗、低成本的方法，一般选择家系群体单个性状进行定位分析，目标性状为极端表型，如高茎/矮茎等。

        建库策略：两个亲本分别建库，子代样品分别混池建库，共4个文库

        样本选择：亲本单株，同一性状子代至少20个样混样（提取DNA后等量混样构建一个文库）

        测序深度：亲本至少10X，子代至少20X。

遗传图谱

        遗传图谱（Genetic linkage map）：又叫连锁图谱（Linkage map），遗传连锁图谱，染色体图，指基因或其他DNA序列在染色体上的相对位置与遗传距离。一般研究样本为家系群体。研究家系群体多个性状，群体数量至少100个，建议150以上。

        应用方向：

        1. 确定基因在基因组中的位置后，可作为参照标记用于遗传重组分析，研究基因遗传和变异的规律；

        2. 辅助基因组挂载染色体，一般连锁群的数目与染色体的数目一致或相近，一条连锁群对应一条染色体；

        3. 使用构建的遗传图谱，进行QTL分析，筛选出与目标性状关联的基因。

        群体进化是指通过获得某物种自然群体各亚群的SNP、InDel等变异信息。然后基于群体变异信息，解析群体的遗传多样性、遗传结构、基因交流情况、物种形成机制以及群体进化动态等生物学问题，从分子层面深入研究该物种的进化历程。通过进化分析，解析环境的适应机制，间接关注性状；研究种群历史。至少3个群体（如野生种、驯化种、地方品种），动物每个群体至少10个样，植物每个群体至少15个样，珍惜物种可以降低样本需求，对表型数据无要求。

        测序深度：10×以上，最少5×

全基因组关联分析

        全基因组关联分析（Genome-wide association study，GWAS）：是利用全基因组范围内筛选出高密度的分子标记对所研究的群体进行扫描，分析扫描得出的分子标记数据与表型性状之间关联关系的方法。即GWAS是利用全基因组范围内的LD来确定影响某些表型性状或数量性状的基因。研究群体既可以是自然群体也可以是家系群体。主要关注多个性状或单个性状是由哪些基因调控。

        样本选择：GWAS研究的样本数从100-5000不等，进行GWAS研究肯定是群体越大越准确，同时群体大的情况下，连锁不平衡（Linkage disequilibrium，LD）相对会缩小，在标记密度足够的情况下，定位的区间小，有利于基因克隆。

        测序深度：主推10X以上，一般至少5X

相关案例1

牛群体进化

        题目：Whole-genome resequencing reveals world-wide ancestry and adaptive introgression events of domesticated cattle in East Asia

        研究样本：中国22个不同地区不同品种的111头现代牛，3头印度牛，来自世界其他地区24个品种的146头牛的重测序数据，总共260头牛。

       研究目的：使用二代测序平台，对获得的样本进行重测序，平均测序深度12.72×，通过研究260个目前存在的牛及8个远古的牛（化石）来找寻牛的祖先组成及揭示牛的历史迁徙路线和基因渐渗现象，用来说明现在东亚牛的多样性。

相关案例2

绿头鸭和北京鸭GWAS

        题目：An intercross population study reveals genes associated with body size and plumage color in ducks

        研究样本：40个绿头鸭，36个本地鸭，30个北京鸭10×全基因组重测序，鉴定了SNP和Indel，1026绿头鸭和北京鸭杂交的后代5×全基因组测序鉴定性状（羽毛颜色，体型大小）相关位点。

        研究目的：由于鸭子具有繁殖速度快，生长迅速特点，选用鸭子来研究表型进化与基因功能定位之间的关系。

         限于篇幅，暂时就只给大家分享2篇重测序相关文献，大家是不是还意犹未尽呢，赶快拿起手里的电话联系当地销售或致电公司，菲沙这里有你想做的所有重测序产品。

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