小编跟很多老师聊天时，都会发现一个现象：老师想做某个物种的基因组测序，但是觉得只进行基因组的组装和注释得到高水平的基因组，然后简单发个低分文章告诉研究同行又心有不甘，想要发高分，一时又没有好的研究思路。针对此种现象，小编经过阅读几篇高分的基因组文献，把作者的研究思路作了总结，以供大家参考。
文章一
Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachio
题目：全基因组测序和转录组测序揭示开心果的适应性及驯化过程
杂志：Genome Biology
影响因子：13.214
研究背景：开心果作为一种全球重要的坚果作物，以抗旱、耐盐著称，对非生物胁迫有很好的适应性。随着全球可用耕地的减少，开发使用沙漠等贫瘠的土地用来种植抗旱耐盐的作物对缓解全球粮食危机将是一个重要的研究课题。由于开心果具有这些优点，将是一个理想的研究对象，对其基因组的解析将为未来的育种提供坚实的分子基础。
测序策略：
研究结果：作者以二代测序技术结合三代测序技术第一次得到开心果栽培种的基因组，组装后的基因组草图为671Mb，contig N50 75.7kb，scaffold N50 949.2 kb，基因组中70.7%是转座子元件，注释得到31,784个编码基因及161 miRNAs。通过比较基因组分析揭示了开心果对环境压力适应性机制可能与细胞色素P450家族及几丁质酶家族的基因扩张相关（图1）。作者通过比较转录组分析发现茉莉酮酸（JA）合成途径对开心果的耐盐性状起到重要作用（图2）。此外，重测序107个开心果品种及35个近缘物种，揭示了开心果的群落结构组成，遗传差异及驯化历史（图3）。
图1 基因家族收缩和扩张分析
图2 比较转录组分析
图3 群落结构分析
文章二
A reference-grade wild soybean genome
题目：参考基因组级别野生大豆基因组
杂志：Nature Communication
影响因子：12.353
研究背景：农作物基因组信息对其栽培育种有着重要作用，鉴定作物的遗传背景差异及QTL定位依赖于精确的基因组信息。野生的种质资源对栽培种作物的育种及遗传背景改良有着很大帮助。目前已经有的大豆基因组信息都是栽培种，对于一些复杂背景信息的大豆物种研究存在很大局限性，因此构建高质量的野生大豆基因组对大豆的驯化、进化历史分析是必要的。
测序策略：
研究结果：最新的全基因组测序技术应用于野生的大豆品种W05，结合PacBio三代测序，Illumina二代测序，光学图谱和Hi-C辅助组装最终得到野生大豆的基因组大小为1013.2 Mb，contig N50 为3.3Mb，scaffold N50为50.7Mb，注释得到编码蛋白的基因有89,477个，miRNA为288个，转座子元件为546.4Mb，占整个基因组大小的53.9%（图4）。为了验证该基因组对后续研究的可靠性，作者做了重组近交系的QTL定位，并与以前发表的QTL定位数据对比，发现在W05基因组上的定位距离更小，结果更准确。此外，作者还用组装出来的高质量基因组检测了8号染色体上的I基因座，该区域与大豆种皮颜色相关，发现该区域有基因座的倒位现象出现（图5）。通过W05的基因组，作者还检测到了11号（图6）和13号染色体的易位及KTI基因的拷贝数变异区。
图4 W05基因组圈图
图5 8号染色体I基因座倒位
图6 11号染色体易位
总结：以上两篇最近发表的基因组文献，主体都是通过最新的三代测序技术加二代测序技术进行基因组的组装。要想得到更高质量基因组如染色体水平，还需要结合光学图谱，Hi-C辅助组装等技术。物种的基因组信息获得后，下一步研究需要结合其显著性状特点，进行性状基因的定位，研究的物种最好有一定的社会经济效益，这样更好发高分文章。菲沙基因对基因组研究这块有着丰富的经验，已经有多篇动植物基因组文章发表，随着公司Sequel II平台的引进，将会给各位老师带来更优质的服务，更优惠的价格，具体情况欢迎咨询当地销售。
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