发表期刊：GigaScience

发表单位：中国科学院海洋研究所、青岛农业大学

研究材料：太平洋潜泥蛤

测序策略：PacBio+Illumina+HiC

菲沙提供服务：基因组测序+分析

原文链接：https://doi.org/10.1093/gigascience/giad105

研究内容：

太平洋潜泥蛤是象拔蚌的学名，又称皇帝蚌、女神蛤、海笋，属于软体动物门双壳纲海螂目潜泥蛤属，是世界上最大的埋栖型贝类，具有非常重要的商业价值。同时，因其滤食性和通过向沉积物表面喷射未消化的粘液结合粪便和伪粪便来耦合浮游和底栖过程，潜泥蛤在维持生态系统健康方面发挥着重要作用。

该研究以一例加拿大采集的太平洋潜泥蛤雌性个体为样本，结合PacBio测序和Hi-C技术成功构建了太平洋潜泥蛤染色体水平基因组，其基因组大小为1.47 Gb，挂载到19条染色体上，contig N50为1.6 Mb，BUSCO评估基因组完整性达到93%。与其近缘物种缢蛏相比，二者基因组之间不仅存在比较明确的共线性关系，还发生了许多染色体间和染色体内的重排。比较基因组学分析显示太平洋潜泥蛤有507个基因家族显著扩张，其中与神经发育与免疫反应相关的copine基因在太平洋潜泥蛤基因组中的数目是近缘物种缢蛏的2倍。该研究为太平洋潜泥蛤育种和环境适应研究提供了有力的理论和数据支持。

发表期刊：Food Bioscience

发表单位：河南农业大学

研究材料：扣囊复膜酵母

测序策略：PacBio+Hi-C

菲沙提供服务：基因组测序+分析

原文链接：https://doi.org/10.1016/j.fbio.2023.103490

研究内容：

扣囊复膜酵母是一类产子囊孢子的二形态酵母，可分泌淀粉酶、酸性蛋白酶及β-葡萄糖苷酶等水解酶类，降解大分子底物，是大曲发酵前期优势菌种。真菌二型态是指某些真菌在外界环境因子的诱导下，其营养体可在酵母型和菌丝型两种不同细胞形态间转化的能力。

该研究从中国传统酵母中分离出一株扣囊复膜酵母菌株ACX0001，结合PacBio测序和Hi-C技术成功构建ACX0001的高质量染色体水平基因组，其基因组大小为19.29 Mb，包含7条染色体，注释鉴定到6115个蛋白编码基因。比较基因组分析显示扣囊复膜酵母菌拥有51个特有基因家族，其中包括85个注释基因。与其它酵母相比，扣囊复膜酵母在进化过程中积累了与碳代谢途径相关的有利基因，包括编码糖苷水解酶的独特基因，如β-1,3-葡聚糖酶。此外，研究者通过转录组学和代谢组学分析检鉴定了扣囊复膜酵母的两种形态（酵母型和菌丝型）之间的568个差异表达基因和109个差异代谢物。在面团发酵过程中，扣囊复膜酵母首先激活β-1,3-葡聚糖酶表达，软化细胞壁，从而促进酵母型细胞的萌发；同时，乙酰辅酶A通量发生变化，乙酰辅酶A被导向脂肪酸、类固醇合成途径上，影响群体感应分子生成，从而促进二型性转换。因此，扣囊复膜酵母的二型转换受到糖苷水解酶家族基因、碳代谢和群体感应分子的共同调控。该研究为扣囊复膜酵母在食品工业中的潜在应用提供了理论基础。

发表期刊：Science Data

发表单位：华中农业大学、塔里木大学

研究材料：叶尔羌高原鳅

测序策略：PacBio + Hi-C

菲沙提供服务：基因组测序+分析

原文链接：https://doi.org/10.1038/s41597-023-02900-x

研究内容：

叶尔羌高原鳅，俗称狗头鱼，是塔里木河流域特有的洄游性鱼类，其鱼类生长较快、个体较大，具有一定耐盐碱性，有较大经济价值。近年来，受人类活动和自然环境变化的影响，其资源量锐减加剧，2019年被列入新疆维吾尔自治区重点保护水生野生动物名录。

结合结合PacBio测序和Hi-C技术，研究者组装了高质量的叶尔羌高原鳅基因组，其基因组大小为520.64 Mb，contigN50=1.30 Mb，其中93%的序列被锚定到25条染色体上，BUSCO评估基因组完整性为94.1%。通过多种方法注释，研究者共在叶尔羌高原鳅基因组中预测到25505个蛋白编码基因，其中99.48%的基因都能得到功能注释。此外，叶尔羌高原鳅基因组中重复序列占比27.29%。未来利用叶尔羌高原鳅基因组进行比较基因组学研究对于阐明其盐碱适应背后的分子机制和确保生物资源的保护具有重要意义。