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智周万物系列论坛Q&A丨茶树泛基因组助力基因组辅助育种

发布时间:2023-12-20 13:34:26阅读次数: 分享到:

2023年12月19日,菲沙基因智周万物收官之作——茶树泛基因组助力基因组辅助育种的线上直播活动圆满结束。“Gene mining and genomics-assisted breeding empowered by the pangenome of tea plant Camellia sinensis”论文的共同第一作者、中国农业科学院深圳农业基因组研究所博士研究生陈帅在线分享了基于茶泛基因组揭示茶树叶片颜色、芽期、风味等重要表型遗传基础的相关工作。陈帅博士的分享内容详细、条理清晰,吸引了数百位观众在线观看!今日,小编带您回顾智周万物此次论坛精彩问答!


01

请问使用PanMarker的方法和传统GWAS方法寻找性状关联基因的异同点是什么?

答:泛基因组的个体数量是很少的,如果要做GWAS分析,需要有一个群体的数据,而panmarker不需要群体数据就可以进行关联分析。


02

老师,您的GWAS是选主干基因组做的吗?还是以泛基因组为参考?

答:文章中的SV-GWAS是利用图形泛基因组去做分析的,对SV进行分型。


03

请问老师是怎么得到的等位基因特异性表达的结果?

答:这个是在“铁观音”基因组中的结果,因为是分型的基因组,可以知道等位基因的情况,结合转录组的数据,可以知道等位基因的表达情况,也可以知道优先表达于哪个等位。


04

请问转座子在结构上包含基因吗?

答:理论上转座子区域是没有基因的。如果携带基因拷贝,可以通过比对的方式去看基因附近是否存在转座子,尤其是LTR。如果要鉴定由转座导致的基因,那么祖先基因和现在的基因的两端的转座子是一致的。


05

请问陈老师做比较基因组分析的时候,怎么去有选择性的挑选一些品种进行比较,而不是全部比较呢?

答:建议根据自己研究的表型有针对性地去选择材料进行比较。


06

请问转座子插入到正义链和反义链对下游基因表达的影响会有差异吗?

答:转座子插入到启动子区域很可能影响基因的表达,对下游基因的表达的影响还有待研究。


07

请问茶基因组的杂合度比较高,当时考虑过用亚基因组进行泛基因组的构建吗?

答:这个想法很好,但由于我们的测序深度很低,PacBio CLR模式只测了50X左右,所以组装质量不是很高,进行分型的效果较差,后续可以考虑一下。


08

请问转座子库去冗余用什么软件?

答:如果做转座子分析一般会做聚类,通过聚类的方法去找到,可以尝试CD-hit。


09

聚类用什么软件呢?

答:这种软件很多,使用马尔科夫(MCL)聚类算法的软件是比较多的,但还是要看聚类的效果,因为转座子的重复序列会比较多。


菲沙基因不仅能为各位科研工作者提供专业的科研服务,也能为大家提供互学互鉴的交流平台。学术之旅永不落幕,菲沙基因致力于“以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展”,让更多科研工作者享受到优质的科研服务,让科研连接你我。所以,让我们明年再见!



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