去年4月底，我们分享了一篇菲沙基因Hi-C项目的物种经验，主要展现超高的Hi-C数据质量，详见链接以超高数据质量，打造全国“Hi-C建库中心”！时间来到2023年11月，在这一年半期间，我们又构建了上千例Hi-C文库，物种范围继续扩大，涵盖了更多的动物、植物、微生物（细菌、真菌、群落），数据质量也更上一层楼，今天我们将其整理归纳分享给大家。
对本次分享的数据说明如下
1. 因篇幅有限，除了酵母和细菌有多次展示，其它相同物种的同一种组织，只展示一次，体现的是不同物种的不同组织类型。
2. 本次分享的数据是使用Hi-C小测数据，采用hicpro软件的默认参数进行质控的，参考基因组来源多样，有的可能是近缘物种的基因组。每一大类物种附一张小测数据互作图谱。
3. 除了反映文库质量的有效数据率valid/unique比例，本次还展示了unique mapped比例，虽然这一比例与基因组的特点有很大关系，其比例偏低大都是因为基因组不合适（近缘的，非实验样本本身的基因组），或复杂基因组（重复序列高），或低质量基因组（组装质量较差的），但由于很多老师也关注此比例，因此也将unique mapped比例展示出来以供参考。
4. 本次仅节选了部分项目的物种进行展示，原因是还有很多的物种名称辨识度过高，容易被猜到是国内哪个课题组在研究，出于为客户保密，不便公布，还请理解。
菲沙基因动物Hi-C物种经验节选
常见动物
人、鼠、家禽等常见动物样品，相对来说比较简单，鸡、鸭、鱼、肉（猪、牛、羊）等物种是做得非常多的，细胞和血液样本最为简单，其次是肝脏、心脏、肌肉组织，难度高一些的组织主要有脂肪、皮肤、性腺(睾丸)，这类样本我们的Hi-C有效数据率基本都可以达到70%以上，最高可达90%以上！
鸭 胸肌Hi-C互作图谱(小测数据，分辨率1000kb）
人细胞和组织
Hi-C在医学研究中的应用也越来越广泛和成熟，人类细胞和各类癌症组织也做得很多，其在解析生长发育、分化、疾病发生发展过程中的远程调控机制中发挥着重要作用。
人 前列腺癌Hi-C互作图谱(小测数据，分辨率1000kb）
鱼 类
淡水鱼类组织，也是属于比较简单的样品，但是深海鱼类的实验会难一些。用于基因组挂载的项目，可以看到肝脏、肌肉是大家最喜欢/最容易取到的组织，对于较珍贵的无法解剖的鱼类，可取不影响其存活的或者能够再生的组织，血液也是个不错的选择。研究互作调控的项目，则应选取性状相关的目标组织。
某鱼 心脏Hi-C互作图谱(小测数据，分辨率775kb）
疑难动物
海洋中的软体动物（螺、虾、贝、珊瑚等）、陆地上的各种虫类（如蚂蚁、蜜蜂、蜻蜓、蜘蛛、各种“蝇”、蛾、蛹、螟、螨、没见过的“虫”）等物种通常都被认为是疑难动物，这类样本成分复杂，很多虫子小到难以解剖，只能用整只个体进行实验，Hi-C实验的难度会较大。根据我们的经验，其数据质量会呈现出两极分化的现象，即很多疑难物种，我们也可以达到常规物种的数据效果，有效数据率最高能达到90%以上，通常也在60%以上。但个别物种走向另一极端，有效数据率低至不能用于挂载，截止目前，仅有三个“虫类”物种，是我们还无法攻克的。由于这类物种名称辨识度很高，这里就不再一一展示了。
某贝类 肌肉Hi-C互作图谱(小测数据，分辨率959kb）
菲沙基因植物Hi-C物种经验节选
千姿百态的植物
植物样品的物种经验，我们是最多的，组织类型仍以叶片居多，用于基因组挂载的首选叶片样本，从以下列表可以看到，根和果实组织，也有很多人研究。容易想到的是，选择根组织的老师很多是研究耐盐机制的，选择果实样本的老师则大都是研究发育进程。
一些多糖多酚类、中草药、藻类或容易降解的疑难植物，大部分我们也能得到高质量的数据效果。其中藻类样本在植物中是最难的，今年新做了一些藻类样本，大部分也成功了，还有少数个别未成功的，我们已记录在案，希望后续能够攻克。
梨 果皮Hi-C互作图谱(小测数据，分辨率508kb）
菲沙基因微生物Hi-C物种经验节选
微生物-真菌
真菌的形态多样，实验的难易程度：细胞类菌体<菌丝形态<孢子，破壁难度依次加大。我们早期通过酿酒酵母Hi-C一战成名（详见链接：【Nature】菲沙基因助力中科院上海植生所发表Hi-C重磅成果！），自此之后几乎承包了酿酒酵母Hi-C，有效数据率基本上稳定在90%以上，此外还做了裂殖酵母、解脂耶氏酵母、扣囊复膜酵母。酵母Hi-C专业户，名副其实。除了酵母，我们还解决了植物病菌届的两大罪魁祸首“禾谷镰刀菌”和“小麦条锈菌”的Hi-C，今年还新增了一些食用菌、霉菌、孢子、菌丝的Hi-C项目。
酵母 Hi-C互作图谱(小测数据，分辨率28kb）
微生物-细菌
相比于其它物种，研究细菌三维基因组的课题组相对较少，可能有两方面原因，一是相关的文献案例偏少，因此研究者对细菌的基因组三维结构了解也偏少，未充分了解之前不太敢轻易尝试。二是细菌Hi-C的实验难度很高（有细胞壁，无细胞核，DNA结构松散，大量裸露的DNA易降解），其有效数据率不可与动植物相比。除了菲沙基因，国内鲜有其它公司大量宣传过细菌Hi-C。如今，我们对细菌样品的Hi-C做了很多优化，2023年发表了三篇细菌Hi-C高水平项目文章：链霉菌(PNAS, 2023)、布鲁氏菌(Microbiology Spectrum, 2023)、乳杆菌(NC, 2023)。随着研究的深入和技术的成熟，当基因组组装完成，线性序列清晰明了之后，下一步势必需要进入基因表达调控领域，细菌Hi-C的春天总会到来！
大肠杆菌Hi-C互作图谱(小测数据，分辨率4kb）
大千世界，千奇百怪的生命体，它们的基因组序列或相近或很远，在三维空间里，这些序列是以怎样的方式排列？有什么规则？有什么特殊？解答这些奥秘，以Hi-C为首的三维基因组学技术发挥着不可替代的作用。良好的数据质量是良好产出的基石，菲沙基因各类样品Hi-C的综合成功率已高达97%（实事求是，100%不能承诺，即便做到了100%，也要低调）。
对于课题研究来说，得到好的数据只是第一步，后续更重要的是分析数据结果，从中挖掘亮点，讲好生物学故事。菲沙基因的三维基因组实验和分析团队具有十年从业经验，近期，针对Hi-C互作数据分析方法，我们将举办一场高质量的线上培训班，重点教学内容为泛基因组+三维基因组+泛三维基因组的生信数据分析。一次学习，三层收获！欲报从速，详见链接：紧跟组学热点，泛3D基因组培训班重磅来袭！
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