研究物种：棉花

发表期刊：Front Plant Sci

主要研究方式：Iso-seq（PacBio 三代全长转录组） 

研究内容：

杂交可以显著提高作物的产量，细胞质雄性不育（CMS）系统也是杂交棉花育种的有效工具，含有显性Rf₂基因的恢复系可以恢复CMS-D8育性，但其恢复机制并不清楚。研究利用Iso-seq技术对CMS-D8棉花育性恢复机制进行了研究。从发育的花蕾中获得了228,106个FLNC（全长非嵌合序列），分析确定了3,174个新转录本、2,597个新基因。鉴定出了652个lncRNA和7,234个AS事件、114个融合转录本等。其中与育性恢复相关的两个新基因在恢复系中表达显著高于不育系和保持系。研究通过Iso-seq为Rf₂育性恢复基因的分子功能提供了新见解，也为后续CMS-D8棉花育性恢复候选基因提供了新方向。

图1 PacBio鉴定的新转录本功能注释

研究物种：尖孢镰刀菌

发表期刊：Postharvest Biol Tec

主要研究方式：RNA-seq 

研究内容：

马铃薯干腐病是马铃薯在贮藏中的常见病害，由多种镰刀菌引起。同时，使用天然化合物替代化学药剂来预防疾病也是更好的替代方案。研究发现百里香酚可以对主要病原菌尖孢镰刀菌起到良好的抑制作用，可以抑制尖孢镰刀菌孢子的萌发和活力。并且可以提高尖孢镰刀菌对环境胁迫的敏感性，并提高马铃薯对其的抗性。通过RNA-seq发现，使用百里香酚处理前后的尖孢镰刀菌存在370个差异基因（DEG），通过对DEG进行GO和KEGG富集分析，发现DEGs主要与代谢、转运、膜等有关。研究为百里香酚防止马铃薯干腐病提供了支持。

图2 转录组数据摘要

研究物种：人神经母细胞瘤细胞（SK-N-SH）

发表期刊：BMC Neurosci

主要研究方式：RNA-seq 

研究内容：

SARS-CoV-2具有高度传染性，已经表明SARS-CoV-2感染会出现神经系统症状。但是，SARS-CoV-2感染对中枢神经系统损伤患者影响的潜在机制仍不清楚。应用RNA-seq技术分析了SARS-CoV-2感染前后的SK-N-SH细胞的转录变化，共有820个mRNA出现显著改变，对差异基因进行了GO和KEGG富集。同时也验证了SARS-CoV-2对SK-N-SH中细胞因子、趋化因子等存在诱导，以及激活NF-κB、p38等信号通路。研究构建了SK-N-SH细胞感染SARS-CoV-2后的转录图谱，为了解SARS-CoV-2致病机制提供了新见解。

图3 SARS-CoV-2感染SK-N-SH细胞中mRNA变化的表达谱