您好,欢迎光临武汉菲沙基因信息有限公司
027-87224696 | marketing@frasergen.com | 中文|English 咨询客服
MARKET DYNAMICS—— 市场动态 ——
首页 > 市场与支持 > 市场动态
市场动态MARKET DYNAMICS

项目文章丨宏基因组测序牵手新型木聚糖酶,为小麦在家禽生产中带来巨大潜力

发布时间:2022-6-21 16:08:02阅读次数: 分享到:

江西农业大学动物科学技术学院赵向辉副研究员在Journal of Agricultural and Food Chemistry上发表文章“Characterization of a New Xylanase Found in the Rumen Metagenome and Its Effects on the Hydrolysis of Wheat”,该研究利用二代+三代宏基因组测序技术研究一种来自肉牛瘤胃宏基因组的新型木聚糖酶(RuXyn)的特征及其对小麦水解的影响,RuXyn通过降解小麦木聚糖并且伴随产生的低聚木糖,在改善小麦在家禽生产中的应用方面具有巨大潜力。菲沙基因承担了本研究中的测序和分析工作。

图1  文章发表信息


研究背景

小麦(Wheat)在家禽饲料中的应用越来越广泛。近些年,由于玉米供应的短缺及价格偏高,对于生产者来说就意味着饲料成本增加。生产者考虑应用价格更为低廉的谷物来抵消玉米价格的增加。随着小麦产量的不断提高和价格走低,小麦逐渐取代玉米成为家禽的重要能源。尽管它们的总能量值相似,但小麦比玉米含有更多的非淀粉多糖,这是细胞壁中的一种典型的抗营养因子。


研究思路

材料:一头健康肉牛瘤胃瘘管内容物:液相和固相

测序策略:BGI MGISEQ-2000+ Oxford Nanopore PromethION


研究结果

1

RuXyn序列产生和分析

研究者根据瘤胃宏基因组数据预测的CDS克隆了RuXyn基因,测序结果表明:克隆的基因序列与预测的碱基组成完全一致,RuXyn全长为1134 bp,编码377个氨基酸,预测理论分子量为42 kDa。构建了RuXyn的系统发育树,结果表明:RuXyn与Bacteroides ovatus(P49942)、Thermotoga neapolitana(Q60041)、Acetivibrio thermocellus(P10478)和Prevotella ruminicola(P48789)的原核木聚糖酶具有较高的遗传关系。其中,瘤胃前杆菌起源于瘤胃。通过同源建模构建RuXyn的3D结构,并使用木三糖作为配体进行分子对接,结果表明:预测的RuXyn结构中的β-片段被α-螺旋完全包围,形成一个桶状结构,类似于GH10家族蛋白质典型的“沙拉碗”(β/α8桶折叠。构建了pET28a-RuXyn载体,并将其转化到大肠杆菌BL21(DE3)中,可用于表达和生产RuXyn。SDS-PAGE检测到一条约39 kDa的强蛋白带,经进一步的Western blot分析证实为RuXyn蛋白。

图2  RuXyn基因预测3D结构和分子对接模型

图3  RuXyn的SDS-PAGE和Western blot分析

2

RuXyn的表征分析

研究者对RuXyn的pH依赖性和温度依赖性进行了研究,pH依赖性表明:RuXyn活性在pH6.0时最高,pH3.0-5.0和8.0-9.0时急剧下降,表明RuXyn不适用于酸性和碱性环境。尽管家禽的前胃和胃是酸性的,但它们的消化保留时间比小肠要短得多,这可能使它们对RuXyn的影响有限。温度依赖性表明:在40°C时观察到RuXyn的最大活性,当温度升高到60°C时,RuXyn仍能保持最大活性的70%以上。在确定最佳温度和pH值后,本研究考察了RuXyn的热稳定性。结果表明:在20℃预处理后,RuXyn能保持90%以上的活性20°C-40°C持续0.5小时,除了处理温度≥50°C时。此外,还发现Ca2+对RuXyn活性有巨大的促进作用,这意味着RuXyn在蛋鸡生产方面显示出巨大的潜力。

图4  RuXyn的最佳pH值、最佳温度和温度稳定性分析

3

RuXyn降解小麦木聚糖的产物分析

本研究分析了RuXyn对小麦木聚糖的降解产物。木糖三糖是主要产品,其次是木糖五糖、木糖三糖、木糖二糖和木糖。在产生的五种糖中,木糖三糖占46.0%、木糖五糖占28.1%、木糖三糖占12.4%和木糖占10%,表明低聚木糖(XOS)占总糖的96.5%。这意味着RuXyn有更好的能力从小麦木聚糖生产XOS。

图5  RuXyn水解麦秸木聚糖的产物分析

4

 RuXyn对小麦降解产物的影响

为了研究RuXyn对小麦可溶性木聚糖和不溶性木聚糖的影响,本研究首先将小麦浸泡在缓冲液中2.5h,然后研究了不同剂量的RuXyn对上清液和沉淀中木聚糖的降解作用。随着酶用量的增加,无论上清液或沉淀物状态如何,反应体系中产生的还原糖在0.73U用量下先增加后减少,最后达到最大值。然后分析了反应时间对RuXyn降解小麦的影响,对于上清液中的木聚糖,将反应时间从1小时增加到5小时不会显著增加还原糖的产量。RuXyn可以水解小麦木聚糖,无论是可溶还是不溶,降解产物中的XOS产量占80%以上。

图6  小麦的RuXyn水解释放还原糖的测定


总  结

此研究基于二代+三代宏基因组测序,研究一种来自肉牛瘤胃宏基因组的新型木聚糖酶(RuXyn)及其对小麦水解的影响。研究结果表明:(1)RuXyn编码377个氨基酸,与先前报道的蛋白质同源性较低,小于40%;(2)RuXyn在大肠杆菌中异源表达,在pH 6.0和40°C下表现出最大活性。在Ca2+和吐温20存在下,RuXyn的活性分别可提高79.8%和36.0%;(3)RuXyn能有效降解小麦中的可溶性木聚糖和不溶性木聚糖,产生的低聚木糖占产品的80%以上。本研究发现了RuXyn通过降解小麦木聚糖和伴随产生的低聚木糖,在改善小麦在家禽生产中的应用方面具有巨大潜力。

本研究得到了国家自然科学基金(31760687)和江西省自然科学基金(20192ACBL21020)的资助。


农学科研
表观遗传
基因组
重测序
转录调控
微生物
生物信息学服务
医学临检
实体瘤基因检测
血液肿瘤基因检测
心血管精准用药基因检测
单基因遗传病基因检测
病原基因检测
医学科研
三代测序技术
单细胞测序技术
二代测序技术
三维基因组学技术
市场与支持
市场动态
菲沙课堂
产品速递
关于菲沙
菲沙简介
菲沙团队
菲沙成果
技术平台
合作伙伴
联系我们
加入我们
校园招聘
社会招聘
联系我们
  • 电话:027-87224696
  • 传真:027-87224785
  • Email:support@frasergen.com
  • 地址:中国湖北省武汉市东湖高新技术开发区高新大道666号光谷生物城D3-1栋三楼
微信公众号
Copyright © 2018武汉菲沙基因信息有限公司 鄂ICP备13010493号-1. All Rights Reserved Designed by Wanhu