小麦赤霉病菌生防菌株Bacillus velezensis YB-130的分离鉴定及全基因组研究
期刊：Frontiers in Microbiology
时间：2020年
物种：Bacillus Velezensis
测序平台：
PacBio Sequel II测序，10kb文库
Illumina NovaSeq测序 PE150
组装结果：1条染色体，基因组为3.98M，“0 gap”完成图
研究结果：
（1）基因组测序与组装
测序共获得219,950条高质量的长reads，平均长度为10,829bp，N50为13002 bp。总碱基数为2,381,982,861bp，基因组测序深度为527.26X，基因组已存储于GenBank(登录号为CP054562)。YB130基因组由3,980,767bp的单条环状染色体组成，平均GC含量为46.46%(图4)。菌株YB130 转录组测序中，共获得了50,894,066对双端测序reads。与组装的基因组序列的比对表明三个测序重复中分别有97.57%、98.52%和97.70%的测序reads被映射到组装的YB-130基因组序列中的唯一位置，测序reads总比对率分别为98.96%、99.38%和99.04%。
YB-130基因组圈图
（2）利用菌株YB-130和其它11种芽胞杆菌的16S rRNA基因序列构建了系统发育树(图5)。菌株YB-130与B. velezensis FZB42亲缘关系最近，与其他3株B.velezensis聚在一起。基于菌株YB-130与其他菌株的全基因组参考序列的ANI分析结果表明，菌株YB-130与B. velezensis ANI值最高(0.97或更高)于(图6)。B. velezensis FZB42、FJAT-450281和CAUB946的ANI值分别为98.31%、97.77%和97.66%，均高于细菌种的95%-96%的阈值。而YB-130菌株与其他8种芽胞杆菌的ANI值则较低，为70.35%~77.16%。因此，结合16S rRNA和全基因组序列ANI值分析，菌株YB-130被鉴定为贝莱斯芽胞杆菌(B.velezensis)。
基于16S rRNA序列构建菌株YB-130与其他11种芽胞杆菌的系统发育树
菌株YB-130和其他11种芽胞杆菌全基因组平均核苷酸一致性(ANI)值的热图
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