1、OTU/ASV分析
OTU即分类操作单元，是在系统发生学研究或群体遗传学研究中，为了便于进行分析，人为给某一个分类单元（品系，种，属，分组等）设置的同一标志。可以根据不同的相似度水平，对所有序列进行OTU划分，每个OTU对应于一种代表序列。
2、物种分布柱状图
当只有1个样品或分组时，物种分布以饼图展示，否则以柱状图展示。下图是各水平物种分布柱状(饼)图：从左至右依次为门、纲、目、科、属、种水平；一种颜色代表一个物种，色块长度（柱状图）或色块面积（饼图）表示物种所占相对丰度比例；为使视图效果最佳，只显示丰度水平前十的物种，并将其他物种合并为 Others 在图中显示，Unclassified代表未得到分类学注释的物种，具体物种信息可在相应分类等级中的物种丰度表中查找。
3、Alpha多样性分析
Alpha多样性（Alpha diversity）反映的是单个样品物种丰度（richness）及物种多样性（diversity），有多种衡量指标：Chao1、Ace、Shannon、Simpson、Coverage、PD_whole_tree。Chao1和Ace指数衡量物种丰度即物种数量的多少。Shannon和Simpson指数用于衡量物种多样性，受样品群落中物种丰度和物种均匀度（Community evenness）的影响。
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