1、circRNA鉴定
使用主流软件对circRNA进行鉴定,由于circRNA鉴定存在假阳性高的现象,对两款软件鉴定出的circRNA的结果取交集。并统计circRNA的来源信息以及circRNA在染色体上的密度分布。
2、表达水平分析
circRNA的表达具有时空特异性,在不同的组织部位,不同生长时期circRNA的表达都有可能不一样。对各样品中circRNA进行表达量的统计,表达量一般是通过检测其表达的read count多少来衡量,但是由于circRNA的特殊性,很难准确获取所有比对上circRNA的所有reads信息(线性RNA的干扰),因此通常的表达量估计方法是通过统计BSJ(back-spliced junction)reads的数目来估计circRNA的表达量。
3、差异表达分析
转录本表达定量完成后,需要对其表达数据进行统计学分析,筛选样本在不同状态下表达水平显著差异的转录本。通过差异分析,我们能够得到在不同处理或不同表型样品之间表达显著差异的circRNA,这些circRNA对应的基因或者靶向的基因可能在不同处理或不同表型中发挥功能。
4、差异circRNA来源基因富集分析
根据差异circRNA的来源基因,结合数据库进行GO和KEGG富集分析,解析来源基因功能,从而可以推断circRNA的生理作用。
5、miRNA集合位点分析
我们对鉴定的circRNA进行miRNA结合位点分析,有助于进一步研究circRNA的功能。