物种：鸡

样品选择：7周龄瘦肉鸡（XH）Vs 肥大鸡（WRR）胸肌组织

测序策略：Illumina PE150

研究结果：

    1、RNA-seq揭示了肥大和瘦肉鸡中52个lncRNA下调，而187个上调。其中上调lncRNA（TCONS_00086268，名为lncIRS1）（图1A、B），通过RACE系统确定了其的5’和3’末端（图1C、D）；其编码能力预测表明编码能力低且进化保守性低（图1E）。为了验证这一预测，分析了lncIRS1的7个潜在ORF的编码能力。经过WB分析表明lncIRS1是没有蛋白编码潜能的lncRNA（图1F）。进一步lncIRS1的亚细胞定位以及RT-PCR结果证实它是存在于胞质和细胞核（图1G）。此外也通过RACE鉴定了基因IRS1的5’和3’端（图1H、I）。

lncIRS1在肥厚肉鸡中表达上调，以及lncIRS1编码能力鉴定

    2、lncIRS1主要在胸肌和心脏中表达，然后在肝和腿部肌肉中表达（图2A）。原位杂交表明lncIRS1在体节中表达（图2B）。lncIRS1的过表达减少了G0/G1期的细胞数量并增加了进展到S期的细胞数量（图2C）并显着促进成肌细胞增殖，而lncIRS1敲除则相反（图2E）。EdU染色表明，lncIRS1过表达细胞的增殖速率显着增加。而lncIRS1敲除后，增殖被明显抑制（图2G）。免疫荧光染色也发现lncIRS1过表达促进了成肌细胞的分化并显着增加了肌管的总面积（图2H、J），而敲除则降低了（图2I、K）。与对照细胞相比，lncIRS1敲除细胞中成肌细胞分化标记基因（MyoD，MyHC，MyoG和Myomarker）和IGF-1途径相关基因（IGF1，IGF1R和IGF2R）的表达下调（图2L、M）。这些数据表明lncIRS1在肌肉中富集，可促进成肌细胞的增殖和分化。

lncIRS1促进成肌细胞的增殖和分化

    3、本研究直接使用本课题组已发表的文章中的miRNA数据（GSE62971）。lncRNA-miRNA-mRNA互作网络图构建涉及以下三个部分：（i）miRNA与mRNA之间的相互作用（使用TargetScan结合表达量预测差异miRNA的靶基因），（ii）lncRNA-miRNA的相互作用（使用RNAhybrid结合表达量预测差异miRNA的靶lncRNA），（iii）基因与基因之间的相互作用（使用IPA：已知和预测的蛋白质相互作用的数据库）。最后，使用Cytoscape构建了lncRNA-miRNA-mRNA相互作用网络。 

lncRNA-miRNA-mRNA互作网络图

    4、lncIRS1充当miR-15a，miR-15b-5p和miR-15c-p的分子海绵来调节IRS1表达，通过IGF-1信号通路促进成肌细胞分化。

lncIRS1通过miR-15家族调控IRS1功能