1、lncRNA筛选
通过多种编码潜能预测方法识别出non-coding转录本进行统计，鉴定共有和特有的lncRNA数目，取预测结果的交集为后续lncRNA分析的数据集。
2、表达水平分析
对不同实验条件下各样品的lncRNA表达水平绘制小提琴图和密度分布图，比较各样品表达水平，并进行样品相关性分析。
3、差异表达分析
使用差异基因火山图展示不同比较组合差异转录本的整体分布情况，从差异倍数（log2(foldchange)）和校正后的显著水平（padj/qvalue）两个水平进行评估，对差异转录本进行筛选。
4、lncRNA和mRNA联合分析
lncRNA测序可以同时得到mRNA和lncRNA信息，通过比较两者在结构、表达量水平上的差异，可以更好地探究lncRNA与mRNA的区别与特性。通过分析差异lncRNA靶向的mRNA，可以更好地研究和探索差异lncRNA行使的功能。将lncRNA和mRNA进行结构上的比较分析，通过观察两者在转录本长度，外显子个数的比对情况，一方面，可以比较lncRNA和mRNA分子上的差异；另一方面，可以验证预测得到的novel lncRNA是否符合一般特征。
5、差异lncRNA靶基因分析
对差异lncRNA的靶基因进行功能分析，通过GO、KEGG富集分析、靶基因PPI分析和转录因子分析等，探究lncRNA靶基因功能。
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