Q1：互作转录组必须两个物种都有参考基因组吗？
理论上，最好两个物种都有参考基因组，得到的结果更准确。如果只有一个物种没有基因组信息，可以选择与近缘物种基因组比对或由denovo拼接得到物种信息。需要注意的是，互作转录组中的原核部分必须有参考基因组，如果没有可以通过构建细菌完成图进行后续分析。
Q2：如何确定侵入种的比例？
目前对于互作转录组研究较多的为寄生和共生，我们普遍可以通过以下方式进行侵入种的比例：
（1）一般致病菌侵入数目大约为10-20个/每个宿主细胞，再估算被感染的宿主细胞的比例，通过真核生物和原核生物mRNA的大体占比，最终确定测序量；
（2）通过前期qRT-PCR或RT-PCR分别检测保守基因和管家基因的比例，确定是否含有侵入种和侵入种的大体占比，例如可通过16s和18s检测是否含有侵入种，根据一些管家基因确定是否含有入侵种；
（3）通过显微镜观察或者生理生化表型确定侵入种的占比，例如根结线虫侵染水稻，通过显微镜观察得到根结线虫的侵入比例，并最终确定选择侵染时期研究。
Q3：互作转录组相对普通转录组有何优势？
普通转录组需要对两种物种分离，这会浪费部分信息并对结果造成一定影响，而互作转录组可同时研究两种或更多物种，无需分离，减少分离带来的影响，同时因为只需要构建一个文库，成本会更低。
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