Q1：比较转录组的应用领域有那些？
比较转录组可以解决以下问题：
（1）通过近缘分析，推测适应性和分化机制；
（2）通过同源序列分析，研究物种进化关系；
（3）通过选择压力分析，发现环境适宜性的正选择基因；
（4）获得物种特异性分子标签。
Q2：不同倍性的物种能否进行比较转录组分析吗？
不建议使用不同倍性的材料进行比较转录组分析。不同倍性的物种，会有基因拷贝数的差异，分析结果没有说服力。
Q3：无参转录组和比较转录组有什么区别？
二者关注的方向不同，所以研究策略也有很大区别。无参转录组主要关注的是基因的差异表达，所以可以通过混合拼接得到参考序列，再通过每个样本比对得到每个样本基因的表达量；比较转录组则重点关注物种间的直系同源基因情况，需要对不同样本独立拼接得到CDS后进行预测。
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