1、基因家族聚类分析
通过基因家族聚类分析，得到共有单拷贝直系同源基因家族。
2、共有特有基因家族分析
通过比对，分析不同物种间的共有和特有基因家族。
3、系统进化分析
基于基因家族聚类中得到的共有单拷贝直系同源基因构建进化树。
4、正选择基因分析
根据基因家族聚类结果，对每个共有单拷贝直系同源基因家族，通过枝位点特异模型（branch-site model）检测该基因是否受到正选择。
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