三+二转录组测序揭示青海湖裸鲤转录组的特征和复杂性
物种：青海湖裸鲤
拉丁名：Gymnocypris Przewalskii
样品选择：6个野生雌性个体和3个雄性个体，分别取5个组织部位-肝脏、肌肉、脑、鳃和肾脏
测序策略：Illumina + PacBio
研究结果：
1、为了研究青海湖裸鲤的转录特性，采集6个野生雌性个体和3个雄性个体，分别取5个组织部位-肝脏、肌肉、脑、鳃和肾脏样本。
取样地点
2、使用PacBio进行三代测序，三个文库总共产生了12898077个CCS reads。CCS reads包含508704个FLNC reads，通过Illumina RNA-seq结果对三代测序数据进行纠错校正，首次构建青海湖裸鲤高质量的参考转录本。
FLNC长度分布
3、为了预测转录本功能，结合NR、GO、KO、KEGG、Swiss-Prot数据库对校正后转录本进行注释，得到了丰富且相对完整的青海湖裸鲤转录本注释信息。
转录本注释结果
4、进一步对得到的青海湖裸鲤转录本进行编码区和非编码区研究，对ORF区域和lncRNA进行预测。通过验证编码潜能检测到13293个潜在的lncRNA，去除lncRNA后检测到134537个ORF。
lncRNA预测
5、针对不同组织检测到的全长转录本，进行SSR鉴定，并对得到的SSR结果进行统计分析。
SSR情况统计
6、根据不同组织样本，分析其转录本中组织特异性基因的转录本数量。大脑中显示出明显的组织特异性转录本。
组织特异性转录本统计
7、对测序结果进行qRT-PCR验证，比对验证结果趋势与测序结果是否相同，以检验测序结果是否可靠。
qRT-PCR验证
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